"Kamigawa: Kagayakeru Sekai" spielt in einer mystischen Welt, die von japanischer Mythologie und Spiritualität inspiriert ist. Die Handlung dreht sich um das Königreich Kamigawa, das von mächtigen Kami (Geistern) und Menschen bewohnt wird. Das fragile Gleichgewicht zwischen diesen beiden Welten wird durch den Aufstieg eines dunklen Kami namens Oni-no-O gestört, der die Welt in Chaos und Zerstörung stürzt. Die Kami, einst Beschützer der Menschen, beginnen, sich gegen sie zu wenden, was zu Konflikten und Misstrauen führt.

Die Protagonistin, Tsubame, eine junge Priesterin, wird in die Ereignisse hineingezogen, als ihr Dorf von den Kami angegriffen wird. Sie entdeckt, dass sie die Fähigkeit besitzt, mit den Kami zu kommunizieren, und schließt sich einer Gruppe von Kriegern und Gelehrten an, um den Ursprung des Konflikts zu ergründen. Unter ihren Verbündeten befinden sich der rätselhafte Samurai Kaito, der von Rache getrieben ist, und die weise Miko Ayame, die über tiefes Wissen über die Kami verfügt. Gemeinsam reisen sie durch die verschiedenen Regionen Kamigawas, von den schneebedeckten Bergen bis zu den dichten Wäldern, und treffen auf mächtige Kami, die sowohl Verbündete als auch Feinde sein können.

Im Laufe der Geschichte enthüllt sich, dass Oni-no-O durch die Missachtung der alten Rituale und den Verlust des Glaubens an die Kami an Macht gewonnen hat. Tsubame und ihre Gefährten müssen nicht nur gegen die äußeren Bedrohungen kämpfen, sondern auch ihre eigenen inneren Konflikte und Zweifel überwinden. Die Handlung thematisiert die Beziehung zwischen Mensch und Natur, den Glauben an das Übernatürliche und die Konsequenzen von Vernachlässigung und Vergessenheit. Am Ende steht die Frage, ob das Gleichgewicht zwischen den Welten wiederhergestellt werden kann oder ob Kamigawa für immer in Dunkelheit versinken wird.