"Mr. Glory Giants Squad 3" (TV Special) handelt von einer Gruppe von Soldaten, die in einer dystopischen Zukunft gegen eine übermächtige Bedrohung kämpfen. Die Handlung spielt in einer Welt, in der riesige mechanische Kreaturen, bekannt als "Titans", die Menschheit an den Rand der Auslöschung gebracht haben. Die Hauptfiguren sind Mitglieder einer Eliteeinheit, die als "Giants Squad 3" bezeichnet wird. Diese Einheit besteht aus erfahrenen Kämpfern, die speziell ausgebildet wurden, um die Titans zu bekämpfen und die letzten Überreste der menschlichen Zivilisation zu schützen.

Der Protagonist, Captain Ryu Tendo, ist ein charismatischer und strategisch denkender Anführer, der seine Truppen mit eiserner Entschlossenheit führt. Neben ihm steht die scharfsinnige und technisch begabte Lieutenant Aya Fujimoto, die für die Entwicklung und Wartung der fortschrittlichen Waffen und Ausrüstung verantwortlich ist. Ein weiteres Schlüsselmitglied der Gruppe ist der impulsive, aber äußerst talentierte Pilot Kenta Mori, dessen Fähigkeiten im Kampf oft den Ausschlag geben.

Die Handlung konzentriert sich auf eine entscheidende Mission, bei der die Giants Squad 3 einen versteckten Titan-Nest ausfindig machen und zerstören soll. Dabei müssen sie nicht nur gegen die überwältigende Stärke der Titans kämpfen, sondern auch interne Konflikte und moralische Dilemmata bewältigen. Die Spannungen innerhalb der Gruppe nehmen zu, als sie auf unerwartete Verbündete stoßen, die ihre eigenen Motive und Geheimnisse haben.

Im Verlauf der Geschichte werden die Hintergründe der Titan-Bedrohung und die Vergangenheit der Hauptcharaktere nach und nach enthüllt. Es wird deutlich, dass die Titans nicht nur eine äußere Gefahr darstellen, sondern auch eine tiefgreifende symbolische Bedeutung für die menschliche Gesellschaft haben. Die Handlung ist geprägt von intensiven Kampfszenen, emotionalen Momenten und unvorhersehbaren Wendungen, die die Zuschauer bis zum Ende in Atem halten.