"Lord El-Melloi II's Case Files: Rail Zeppelin Grace note" ist ein TV-Special, das in der erweiterten Welt des "Fate"-Franchises spielt. Die Handlung konzentriert sich auf Waver Velvet, der nach den Ereignissen von "Fate/Zero" den Titel Lord El-Melloi II annimmt und als Dozent an der Clock Tower, einer prestigeträchtigen Magierakademie, arbeitet. Waver ist bekannt für seine analytischen Fähigkeiten und seine Expertise in der Aufklärung mysteriöser Fälle, die mit Magie verbunden sind.

Die Geschichte beginnt mit der Einladung Wavers zu einem mysteriösen Ereignis, der "Rail Zeppelin", einem luxuriösen Zug, der als Schauplatz für ein geheimes magisches Ritual dient. Der Zug ist ein Treffpunkt für mächtige Magier und Adlige, die an einem Wettbewerb teilnehmen, bei dem es um den Besitz eines wertvollen magischen Artefakts geht. Waver wird jedoch nicht als Teilnehmer, sondern als Beobachter eingeladen, um mögliche Unregelmäßigkeiten zu untersuchen.

Während der Reise kommt es zu einer Reihe von mysteriösen Vorfällen, darunter Diebstähle und Morde, die die Sicherheit der Passagiere bedrohen. Waver, unterstützt von seiner Assistentin Gray und seinem Schüler Flat Escardos, beginnt, die Zusammenhänge zwischen den Vorfällen zu entschlüsseln. Gray, die ein geheimnisvolles Erbe in sich trägt, spielt eine zentrale Rolle, da ihre Verbindung zu einer legendären Figur der magischen Welt immer wieder in den Vordergrund rückt.

Im Laufe der Handlung werden die komplexen Beziehungen und Rivalitäten zwischen den verschiedenen Magierfamilien sowie die politischen Intrigen innerhalb der Clock Tower deutlich. Wavers Fähigkeit, logische Schlüsse zu ziehen und verborgene Wahrheiten aufzudecken, wird auf die Probe gestellt, als er sich mit den dunklen Geheimnissen des Zuges und seiner Passagiere auseinandersetzen muss.

Die Handlung gipfelt in einer Konfrontation, bei der Waver nicht nur die Identität des Täters enthüllt, sondern auch die tieferen Motive hinter den Ereignissen aufdeckt. Dabei wird deutlich, dass die Ereignisse im Zug Teil eines größeren Plans sind, der die Machtverhältnisse in der magischen Welt nachhaltig beeinflussen könnte.