"Ninja Skooler" ist eine Anime-Serie, die in einer modernen Welt spielt, in der Ninja-Traditionen und -Techniken in einer speziellen Schule gelehrt werden. Die Handlung dreht sich um eine Gruppe von Jugendlichen, die an der geheimen Ninja-Akademie "Kage no Gakuen" ausgebildet werden. Die Schule ist versteckt in den Bergen und kombiniert traditionelle Ninja-Künste mit moderner Technologie. Die Schüler werden nicht nur in Kampftechniken, sondern auch in Strategie, Tarnung und Überlebenstraining unterrichtet.

Die Hauptfigur ist Ren Tachibana, ein junger Mann, der aus einer Familie stammt, die seit Generationen Ninja hervorbringt. Ren ist talentiert, aber ungeduldig und hat Schwierigkeiten, sich an die strengen Regeln der Akademie zu halten. Er wird oft von seinem Rivalen, Kaito Shirogane, herausgefordert, einem disziplinierten und ehrgeizigen Schüler, der aus einer einflussreichen Ninja-Familie stammt. Die beiden entwickeln eine komplexe Beziehung, die zwischen Konkurrenz und gegenseitigem Respekt schwankt.

Ein weiterer wichtiger Charakter ist Ayame Fujiwara, eine begabte Ninja-Schülerin, die sich auf Illusionstechniken spezialisiert hat. Sie ist Rens enge Freundin und unterstützt ihn oft in schwierigen Situationen. Zusammen mit weiteren Mitschülern wie dem technikbegeisterten Hiroshi und der ruhigen, aber tödlichen Kämpferin Yuki bilden sie ein Team, das sich verschiedenen Herausforderungen stellen muss.

Die Serie folgt den Schülern bei ihrer Ausbildung und ihren Missionen, die von einfachen Übungen bis hin zu gefährlichen Einsätzen reichen. Dabei werden sie mit inneren Konflikten, moralischen Dilemmata und der Bedrohung durch eine mysteriöse Organisation konfrontiert, die die Ninja-Traditionen für ihre eigenen Zwecke missbrauchen will. Die Handlung entwickelt sich durch eine Mischung aus Action, Drama und humorvollen Momenten, während die Charaktere wachsen und ihre individuellen Fähigkeiten verbessern.

Ein zentrales Thema der Serie ist die Balance zwischen Tradition und Moderne, da die Schüler lernen, wie sie alte Ninja-Techniken mit modernen Werkzeugen und Strategien kombinieren können. Gleichzeitig wird die Bedeutung von Teamarbeit, Vertrauen und persönlicher Entwicklung betont, während die Charaktere sich mit ihrer Identität und ihrem Platz in der Welt auseinandersetzen.