Der Planet Elementros, eine Welt, die mit mysteriösen Elementarkräften pulsiert, wird zum neuen Schlachtfeld für den legendären Konflikt zwischen Autobot und Decepticon. Optimus Prime erreicht diesen unerforschten Planeten, während er der Spur seines früheren Widersachers Megatron folgt. Bei der Landung entdeckt Optimus, dass Elementros die Heimat einer einzigartigen Rasse von Transformern ist, bekannt als Energiebestien, die die Fähigkeit besitzen, sich in Tier- und Dinosaurierformen zu verwandeln und die fünf Elementarenergien Feuer, Wasser, Erde, Natur und Blitz in ihren Körpern beherbergen.

Der erste Einheimische, dem Optimus begegnet, ist Lightlong, ein neugieriger und energiegeladener Giraffen-Transformer, der die Kraft des Blitzes beherrscht. Ihr Treffen wird unterbrochen, als Megatron einen plötzlichen Angriff startet, was Optimus und Lightlong zwingt, sofort eine Bindung einzugehen. Diese Verbindung erschließt eine neue Fähigkeit namens Wildocking, die es den beiden ermöglicht, ihre Formen zu kombinieren und zum mächtigen Wild King zu werden. Diese neu gewonnene Kraft ermöglicht es Optimus, sich mit den tierartigen Energiebestien zu verbünden, während Megatron das Kommando über die aggressiveren dinosaurierartigen Energiebestien übernimmt, angeführt vom feurigen und stolzen Tyrannosaurus Captain Volca.

Der zentrale Konflikt der Serie dreht sich um den Kampf dieser beiden Fraktionen um die Kontrolle über Elementros und seine Elementarenergien. Optimus Prime, der sich vor seiner Ankunft auf dem Planeten mit Megatron versöhnt hat und nun nach Macht strebt, um ihre gemeinsame Heimatwelt Cybertron zu schützen, muss den Tierstamm vereinen. Dieser Stamm umfasst Hydrophant, einen scheuen aber mächtigen Elefanten mit Wasserfähigkeiten, der von Optimus Mut lernt; Ignite Leo, einen heißblütigen Löwen, der den Neuankömmling auf seine Heldenwürdigkeit prüft; Drillnohorn, ein Nashorn, das seine erderschütternde Stärke schärft; und Skyreport, einen weisen Adler mit Naturkräften, der uralte Legenden über den Planeten enthüllt.

Im Verlauf der Serie tauchen dunklere Kräfte aus dem Planeten selbst auf. Eine schattenhafte Entität namens Nemesis Prime manifestiert sich aus Optimus' eigenem Geist und repräsentiert eine Korruption seines heldenhaften Geistes, die ihn in die Dunkelheit ziehen will. Ebenso wird Megatron von einer mysteriösen Energiewelle umhüllt und verwandelt sich in den finsteren Shadow Megatron, während er alle fünf Elementarenergien sammelt. Die ultimative Bedrohung entpuppt sich als World Dragnus, ein kolossaler Drachen-Transformer und die Verkörperung des Unheils selbst, der in alter Zeit versiegelt wurde. Mit seinen Drachensoldaten als Handlangern besitzt World Dragnus eine Weltkombinationsfähigkeit, die droht, ganz Elementros erneut zu unterwerfen, was sowohl Optimus als auch Megatron zwingt, einem Gegner gegenüberzutreten, den keiner allein besiegen kann. Das Schicksal des Planeten hängt letztlich von den Bindungen ab, die zwischen den Cybertroniern und den Energiebestien geknüpft werden, sowie vom Mut, der Dunkelheit in sich selbst ins Auge zu sehen.