Ein Sammler-Abenteuer in Isekai folgt der Reise von Takeru Kamishiro, einem durch und durch gewöhnlichen japanischen Angestellten, dessen eintöniges Leben abrupt endet. Er wird von einem mysteriösen göttlichen Wesen in die Welt von Madeus gerufen, ein Reich, das in einem zerstörerischen Zyklus des Zivilisationszusammenbruchs gefangen ist. Der Plan der Gottheit ist es, einen Außenseiter mit überlegenem Wissen als Katalysator zu entsenden, um diese endlose Schleife zu durchbrechen. Für sein neues Leben erhält Takeru mehrere mächtige Vorteile: einen äußerst widerstandsfähigen Körper, immenses magisches Potenzial, eine "Such"-Fähigkeit, um wertvolle Ressourcen zu lokalisieren, und einen unendlichen Aufbewahrungsbeutel.

Nach dem Erwachen in der Nähe des bescheidenen Tormi-Dorfes beschließt Takeru, als Materialsammler zu arbeiten, indem er seine Fähigkeiten nutzt, um Kräuter, Erze und Monsterteile zu sammeln – ein Beruf, der es ihm ermöglicht, die neue Welt in seinem eigenen Tempo zu erkunden. Seine erste große Quest führt ihn zum Ostberg, um Misril-Erz zu finden. Dort stört er versehentlich Voldius, einen uralten und mächtigen Drachen. Beeindruckt von Takerus überraschender magischer Stärke beauftragt Voldius ihn mit einer Aufgabe: ein beflecktes Drachenei auszubrüten. Indem er das Ei mit seiner eigenen Magie durchdringt, schlüpft erfolgreich ein Baby-Drache, den er Bee nennt und der zu seinem ständigen und liebenswerten Reisegefährten wird.

Die Erzählung ist als eine Reihe episodischer Abenteuer strukturiert, die Takeru und seine wachsende Gruppe auf ihrer Reise durch Madeus begleiten. Nachdem er Tormi-Dorf verlassen hat, führt ihn seine Reise in die große Handelsstadt Belkaim, wo er in lokale Ereignisse verwickelt wird, einschließlich der Abwehr eines Goblin-Angriffs. Er entwickelt einen Ruf für seine einzigartigen Sammelfähigkeiten und seine Bereitschaft, anderen zu helfen, was zu einer Reihe von Quests führt. Dazu gehören die Suche nach einem seltenen Erz für einen Schmied, um eine besondere Schere zu schmieden, die Konfrontation mit einem großen Dämon, der eine ganze Region bedroht, und die Suche nach einem Heilmittel für die erkrankte Frau eines Lords, was eine seltene und gefährliche Blume erfordert.

Im Verlauf der Serie weitet sich der Fokus auf Takerus Gefährten aus. Ihm schließen sich Brolite, ein Elf, den er vor Erschöpfung im Wald rettet, und Hofvalpnir, liebevoll Pnir genannt, ein Pegasus, der Teil der Gruppe wird, an. Ein bedeutender Handlungsbogen führt in das heilige Land der Elfen, wo sich herausstellt, dass Brolite tatsächlich ein Hochelf mit einer überraschenden und komplizierten persönlichen Vergangenheit ist. Später nimmt Takeru an einem Gildensammelwettbewerb teil, der seine Fähigkeiten gegen andere Abenteurer testet. Die Geschichte baut weiter auf Begegnungen mit mächtigen Wesenheiten hin, einschließlich der Untersuchung des Verbleibs des Gottes des Elfenvolks und schließlich dem Treffen mit Luticara, Brolites älterer Schwester, die ihr Dorf verlassen hat.