In Academy City, wo übernatürliche Fähigkeiten eine anerkannte Wissenschaft sind, operiert eine Schattenorganisation unter der friedlichen Fassade. Dies ist die Dunkle Seite, eine Welt aus verdeckten Missionen, Attentaten und Geheimnissen, die niemals an die Öffentlichkeit gelangen. Eine ihrer elitärsten Einheiten ist ITEM, ein vierköpfiges Team von Agentinnen, das die gefährlichsten und nicht genehmigten Aufgaben der Stadt ausführt.

Das Team besteht aus vier jungen Frauen, die jeweils über eine einzigartige und beeindruckende Kraft verfügen. Shizuri Mugino, eine von nur sieben Level-5-Espern in Academy City, dient als Anführerin der Einheit und besitzt überwältigende offensive Fähigkeiten. Rikou Takitsubo fungiert als Spürhund des Teams und kann die AIM-Diffusionsfelder anderer Esper wahrnehmen und verfolgen. Frenda Seivelun ist eine Kampfspezialistin, die sich auf eine Vielzahl von Sprengstoffen und raffinierte Fallen verlässt. Saiai Kinuhata bietet Verteidigung, indem sie Stickstoff manipuliert, um einen undurchdringlichen Schild um sich selbst zu erschaffen. Zusammen arbeiten sie mit Präzision und kalter Effizienz und übernehmen Missionen, die weit über das Gesetz hinausgehen.

Die Geschichte folgt ITEM, während sie sich durch die Unterwelt von Academy City bewegen, andere Agenten der Dunklen Seite ins Visier nehmen, Bedrohungen beseitigen und Ziele für ihre unsichtbaren Auftraggeber sichern. Ihr neuester Auftrag beginnt jedoch, das fragile Vertrauen, das die Gruppe zusammenhält, zu zerstören. Eine neue Variable, ein fünftes Mädchen, wird in ihre Reihen eingeführt, eine Infiltration, die die Bühne für einen verheerenden Vorfall bereitet. Während das Team sich durch Orte wie die Geschäftsviertel von Schulbezirk 3 und die versteckten Einrichtungen im Zusammenhang mit dem Kolosseum bewegt, finden sie sich in einer Verschwörung wieder, die sie zwingt, der brutalen Realität ihrer Existenz ins Auge zu sehen. Die Bande aus Freundschaft und Überleben wird bis zum Zerreißen strapaziert, was zu einer Tragödie führt, die die Einheit narben und ihr Dynamik grundlegend verändern wird, und den Grundstein für ihre spätere Rolle in den größeren Konflikten von Academy City legt.