Im alternativen Edo von Gintama, in dem außerirdische Invasoren die Samurai in eine untergeordnete Rolle gedrängt haben, dient die Shinsengumi als Spezialpolizei, die für Ordnung sorgt. Der Frieden wird zerstört, als der dämonische Vize-Kommandant Toushirou Hijikata von einem Schmied ein verfluchtes Schwert erhält. Anstatt seine legendären Kampffähigkeiten zu verbessern, verändert die Klinge seine gesamte Persönlichkeit und verwandelt den hartgesottenen, mayonnaisebesessenen Offizier in einen nutzlosen und erbärmlichen Otaku ohne jegliche positiven Eigenschaften.

Während Hijikata darum kämpft, den Fluch zu brechen, kehrt ein ehrgeiziges neues Mitglied der Shinsengumi namens Itou Kamotarou nach Edo zurück, nachdem er eine lange Mission abgeschlossen hat. Itou bringt fortschrittliche Waffen und wertvolle Schwerter als Geschenke mit, was ihm einen herzlichen Empfang durch Kommandant Isao Kondo einbringt und ihm schnell zu wachsendem Einfluss innerhalb der Organisation verhilft. Itou nutzt jedoch die Gelegenheit, die sich durch Hijikatas geschwächten Zustand bietet, um einen hinterhältigen Plan zur Machtübernahme zu starten. Sein Vorhaben, Hijikata zu entmachten und die Kontrolle über die Shinsengumi zu übernehmen, erweist sich als tückischer als erwartet und stürzt die gesamte Organisation in eine Krise, die nicht nur die Polizeitruppe, sondern auch die Stabilität Edos selbst bedroht.

Der Konflikt zwingt Hijikata, sich dem Fluch zu stellen, während er gleichzeitig Itous Fraktion von innen bekämpft. Gintoki Sakata und das Gelegenheitsjobs-Team Yorozuya werden in die Angelegenheit verwickelt, was zu einem Bündnis zwischen dem lässigen ehemaligen Samurai und dem bedrängten Vize-Kommandanten gegen einen gemeinsamen Feind führt. Die Geschichte erkundet Themen wie Loyalität und Verrat, während die Bindungen der Shinsengumi bis zum Zerreißen strapaziert werden, wobei Kommandant Kondo als stabilisierende Kraft dient, die die Gruppe zusammenhält. Der Handlungsbogen endet mit einer Lösung, die die Einheit der Shinsengumi bekräftigt, aber bleibende Folgen für die beteiligten Charaktere hinterlässt. Diese theatralische Zusammenstellung vereint die Episoden 101–105 der originalen Fernseh-Anime-Serie.