In einem Japan, in dem riesige Monster, bekannt als Kaiju, eine nahezu konstante Bedrohung darstellen, ist die Japanische Anti-Kaiju-Verteidigungsstreitmacht die Elite-Militärorganisation der Nation, die ihrer Vernichtung gewidmet ist. Die Geschichte dreht sich um Kafka Hibino, einen 32-jährigen Mann, der die Aufnahmeprüfung für die Verteidigungsstreitmacht wiederholt nicht bestanden hat und nun für Monster Sweeper, Inc. arbeitet, ein Unternehmen, das für die grauenhafte Aufgabe verantwortlich ist, die Überreste von Kaiju nach Kämpfen zu beseitigen. Seine Kindheitsfreundin, Mina Ashiro, ist nun die gefeierte Kapitänin der Dritten Division der Verteidigungsstreitmacht, eine ständige Erinnerung an das Versprechen, das sie als Kinder gegeben haben, gemeinsam gegen die Monster zu kämpfen. Nach einem schicksalhaften Zusammentreffen mit einem abtrünnigen, parasitären Kaiju während der Arbeit mit einem entschlossenen neuen Rekruten namens Reno Ichikawa, wird Kafka schwer verletzt. Während er sich im Krankenhaus erholt, dringt ein mysteriöser kleiner Kaiju durch seinen Mund in seinen Körper ein und verleiht ihm die Fähigkeit, sich in einen mächtigen, humanoiden Kaiju zu verwandeln.

Diese neue Form, von der Verteidigungsstreitmacht als Kaiju Nr. 8 bezeichnet, verfügt über immense Stärke, Geschwindigkeit und regenerative Fähigkeiten, mit einem Widerstandsniveau von 9,8, was sie zu einem der mächtigsten jemals aufgezeichneten Kaiju macht. Trotz seiner neu gewonnenen Kraft behält Kafka sein menschliches Bewusstsein bei und beschließt, mit Reno als seinem einzigen Vertrauten, sich erneut bei der Verteidigungsstreitmacht zu bewerben, um an Minas Seite zu kämpfen. Er und Reno bestehen die strapaziösen Aufnahmeprüfungen und freunden sich mit anderen Rekruten an, darunter das 16-jährige Wunderkind Kikoru Shinomiya, die Tochter des Generaldirektors der Verteidigungsstreitmacht, Isao Shinomiya. Das Trio wird der Dritten Division zugeteilt, wo Kafka seine monströse Identität verbergen muss, während er sein einzigartiges Wissen über die Anatomie von Kaiju, das er durch jahrelange Aufräumarbeiten erworben hat, nutzt, um sein Team zu unterstützen.

Der primäre Antagonist tritt als hochintelligenter, humanoider Kaiju mit der Bezeichnung Kaiju Nr. 9 in Erscheinung, der sprechen, menschliche Gestalt annehmen und andere Kaiju befehligen kann. Nach einem brutalen Angriff auf das Hauptquartier der Dritten Division durch ein weiteres mächtiges Monster, Kaiju Nr. 10, ist Kafka gezwungen, sich öffentlich zu verwandeln, um seine Kameraden zu retten, was zu seiner Verhaftung führt. Generaldirektor Isao Shinomiya testet Kafka persönlich im Kampf, indem er einen mächtigen Anzug verwendet, der aus einem besiegten Kaiju hergestellt wurde. Kafka, der darum kämpft, seine Identität gegen den Einfluss des parasitären Kaiju zu bewahren, beweist letztendlich, dass er seine Kraft kontrollieren kann. Trotz der Einwände seiner Kollegen beschließt Isao, Kafka in der Dritten Division wieder einzusetzen, in der Überzeugung, dass die Menschheit seine Stärke brauchen wird, um der eskalierenden Kaiju-Bedrohung zu überleben.

Die erste Staffel endet mit den Folgen der Enthüllung von Kafkas Geheimnis und der Bildung eines fragilen neuen Status quo, während er seinen Dienst innerhalb der Verteidigungsstreitmacht fortsetzt. Die Geschichte geht in eine zweite Staffel über, in der Kafka und Kikoru zur Ersten Division versetzt werden, die von dem beeindruckenden, aber schlampigen Kapitän Gen Narumi geführt wird, der als Japans stärkste Anti-Kaiju-Waffe gilt. Während neue und mächtigere nummerierte Kaiju auftauchen, die vom listigen Kaiju Nr. 9 erschaffen werden, muss Kafka lernen, seine Kräfte zu kontrollieren, während er sich in einer militärischen Hierarchie bewegt, die ihn sowohl als wertvolles Asset als auch als potenzielle Bedrohung betrachtet.