Ein junger Mann namens Keitaro Gentoga besitzt eine starke spirituelle Sensibilität, die stets ruhelose Geister anzieht. Eine verheerende Begegnung mit einer bösartigen Entität verfluchte seine rechte Hand und zwang ihn jahrelang zum Rückzug als Hikikomori. Nun, als Student, versucht Keitaro mit der Ermutigung seiner Kindheitsfreundin Eiko Hozuki, wieder in die Gesellschaft zurückzufinden. Um seine soziale Angst zu überwinden, nimmt er einen Nebenjob als Privatlehrer an. Seine erste Schülerin ist Yayoi Hozuki, die junge Cousine von Eiko.

Yayoi ist kein gewöhnliches Wunderkind. Sie ist eine mächtige psychische Medium mit einer einzigartigen Doppelpupille in jedem Auge, die es ihr ermöglicht, die Geisterwelt klar zu sehen. Nach einem Autounfall, bei dem ihr Vater starb und die Seele ihrer Mutter von einem mächtigen, embryonalen bösen Geist entführt wurde, hat sich Yayoi darauf spezialisiert, gefährliche Geister aufzuspüren und einzufangen. Ihr ultimatives Ziel ist es, eine Armee böser Geister aufzubauen, die stark genug ist, um der Entität gegenüberzutreten, die ihre Mutter nahm. Da sie Keitaros Fähigkeit erkennt, Geister wie ein Leuchtfeuer anzuziehen, verpflichtet sie ihn zwangsweise zur Hilfe.

Die Geschichte folgt dem ungewöhnlichen Trio Keitaro, Yayoi und Eiko auf ihren Reisen durch Japan, wo sie reale, berüchtigte Spukorte besuchen. Yayoi fängt bösartige Geister ein und versiegelt sie in Puppen, wobei sie ihr eigenes Haar und ihre Nägel als schützenden Gegenzauber verwendet. Sie zwingt dann diese gefangenen Geister, sich zu bekämpfen und gegenseitig zu verschlingen, um eine mächtigere Klasse dienbarer Geister zu erschaffen, die sie ihre "Absolventen" nennt. Diese gefährliche Methode verwandelt die Geisterjagd in ein dunkles strategisches Spiel des Sammelns und Stärkens übernatürlicher Ressourcen.

Ein großer Handlungsbogen beinhaltet die Konfrontation der Gruppe mit einem bösartigen Gott, bekannt als der "Gott des Todes" oder "Tai Sui", einem Wesen von immenser Macht, das eine neue Schülerin von Keitaro, ein fröhliches Oberschulmädchen namens Ai Kamiyo, als seine Braut auserkoren hat. Dieser Bogen zwingt Yayoi, ihre gefährlichsten Absolventen in einer verzweifelten Schlacht gegen eine göttliche Entität einzusetzen. Während ihrer Reise erforscht die Serie Keitaros Kampf, seine Angst zu überwinden und einen Weg zu finden, den Fluch an seiner Hand zu lösen, Eikos obsessive und grenzwertig verstörende Liebe zu Keitaro, die ihre Begeisterung für das Okkulte antreibt, und Yayois kalten, pragmatischen Drang, ihre Mutter um jeden Preis zurückzuholen, während die Bedrohung durch den ursprünglichen Geist, der alles begann, weiter wächst.