Nach einer enttäuschenden Eliminierung bei der Weltmeisterschaft 2018 heuert der japanische Fußballverband, verzweifelt bestrebt, den Sport zu revolutionieren, den exzentrischen und rücksichtslosen Trainer Jinpachi Ego an. Seine umstrittene Lösung für die Misserfolge der Nationalmannschaft ist das Blue-Lock-Projekt, ein risikoreiches Trainingsprogramm, das den größten egoistischen Stürmer der Welt formen soll. Dazu werden 300 der talentiertesten Stürmer des Landes aus der Oberstufe in einer speziellen Einrichtung versammelt und eingesperrt. Sie werden in einen brutalen Wettbewerb ums Überleben gezwungen, bei dem nur einer als ultimativer Ace hervorgehen wird. Wer versagt, dem wird lebenslang verboten, Japan in der Nationalmannschaft zu vertreten.

Die Geschichte konzentriert sich auf Yoichi Isagi, einen bescheidenen und analytischen Stürmer im zweiten Jahr der Oberstufe von der Ichinan High. Geplagt von einem entscheidenden Moment in seiner Vergangenheit, in dem er ein mögliches siegbringendes Tor zugunsten der Teamarbeit ausließ, tritt Isagi mit dem brennenden Wunsch in Blue Lock ein, sein eigenes Ego zu entdecken und der Beste der Welt zu werden. Anfangs auf dem vorletzten Platz 299 eingestuft, wird er in Team Z platziert, einer Gruppe von Außenseitern. Durch intensive psychische und physische Prüfungen beginnt Isagi, sein außergewöhnliches räumliches Bewusstsein und seinen Direktschuss zu schärfen, und entwickelt sich langsam von einem passiven Spielmacher zu einem Raubtier, das die Stärken seiner Gegner für seine eigenen Ziele verschlingt.

Die Serie bietet ein tiefgründiges Ensemble von ambitionierten und exzentrischen Spielern. Meguru Bachira ist ein energiegeladener und intuitiver Dribbler, der nach einem „Monster“ sucht, mit dem er spielen kann. Rensuke Kunigami ist ein kraftvoller und idealistischer Linksfuß, der dem Fairplay verpflichtet ist. Hyoma Chigiri ist ein talentierter Sprinter, der von einer alten Beinverletzung verfolgt wird, die sein Potenzial einschränkt. Seishiro Nagi ist ein faules Wunderkind mit weltklasse Ballannahme, das nur aus Langeweile zum Fußball fand. Weitere wichtige Rivalen sind Shoei Barou, ein dominanter und selbsternannter „König“ des Feldes, und Rin Itoshi, ein kühles und technisch perfektes Wunderkind, das im Schatten seines genialen älteren Bruders Sae Itoshi spielt. Das gesamte Programm wird überwacht von Jinpachi Ego, dessen harte Philosophie das individuelle Ego über die kollektive Harmonie stellt, und seiner Assistentin Anri Teieri, einer leidenschaftlichen Mitarbeiterin, die an das Potenzial des Projekts glaubt.

Die Erzählung ist in deutliche, eskalierende Bögen strukturiert. Der Einführungsbogen etabliert die Gründung von Blue Lock und die erste Auslese der Spieler. Der Erste-Auswahl-Bogen teilt die 300 Überlebenden in 25 Teams zu je fünf Spielern innerhalb von fünf verschiedenen Ebenen auf. Team Z muss ein Rundenturnier überstehen, das in einem entscheidenden Spiel gegen das unbesiegte Team V gipfelt, angeführt von Nagi und seinem Partner Reo Mikage. Der Zweite-Auswahl-Bogen erhöht die Einsätze dramatisch, indem er die Spieler in individuelle Fünf-gegen-Tor-Übungen und eine Reihe von 3-gegen-3- und 4-gegen-4-Spielen zwingt, bei denen das siegreiche Team einen Spieler der Verlierer stehlen kann, was ehemalige Teamkameraden zum Verrat zwingt. Dieser Bogen führt Rin Itoshi als besten Spieler der Einrichtung ein und bringt Isagi mit Bachira, Nagi und Barou zusammen, um ihn herauszufordern. Der Dritte-Auswahl-Bogen sieht die verbleibenden 35 Spieler in drei Teams aufgeteilt, die um einen Platz in der „Blue Lock Eleven“ kämpfen, einer ausgewählten Mannschaft, die gebildet wird, um gegen die japanische U-20-Nationalmannschaft anzutreten. Die erste Staffel endet mit der Auswahl dieser endgültigen Aufstellung.

Die zweite Staffel, mit dem Untertitel vs. U-20 Japan, behandelt den U-20-Bogen. Hier hängt das Schicksal des gesamten Blue-Lock-Projekts an einem einzigen, hochriskanten Spiel. Die neu formierte Blue Lock Eleven muss die offizielle japanische U-20-Mannschaft besiegen, um ihr Recht zu sichern, die Nation zu vertreten. Sie stehen überwältigenden Widrigkeiten gegenüber, darunter der geniale Spielmacher Sae Itoshi und der explosive und unkontrollierbare Stürmer Ryusei Shidou, der sich kurzzeitig der U-20-Seite anschließt. Dieser Bogen zwingt Isagi und seine Rivalen, über ihre Grenzen hinauszugehen, was in einem klimatischen und unvorhersehbaren Finale gipfelt. Nach diesem Sieg wurde eine dritte Staffel angekündigt, die den Neo-Egoist-League-Bogen adaptieren wird, in dem Blue-Lock-Spieler in U-20-Teams aus Top-Fußballnationen wie Deutschland, England und Spanien integriert werden, um die endgültige Auswahl für die U-20-Weltmeisterschaftsmannschaft zu treffen.