Vor sechs Monaten verschwand der Teenager Hikaru Indou in den Bergen nahe seines Heimatdorfes Kubitachi. Als er eine Woche später zurückkehrte, schien er derselbe fröhliche Junge wie immer zu sein. Doch sein bester Freund, Yoshiki Tsujinaka, kennt die Wahrheit. Das Wesen, das zurückgekehrt ist, ist nicht Hikaru. Es ist eine Entität, die den Jungen sterbend auf dem Berg vorfand und einfach in seinen Körper schlüpfte, dabei seine Erinnerungen und Persönlichkeit perfekt kopierte. Als Yoshiki die Kreatur schließlich konfrontiert, leugnet sie die Anschuldigung nicht. Stattdessen gibt sie zu, dass dies ihr erstes Mal ist, als Mensch zu leben, dass sie Yoshiki sehr mag und ihn nicht töten will. Angesichts des Verlustes seines wahren Freundes und unfähig, loszulassen, willigt Yoshiki ein, das Geheimnis der Kreatur zu bewahren und ihr Leben fortzusetzen, als ob sich nichts geändert hätte.

Die Geschichte spielt im abgeschiedenen Dorf Kubitachi, einem Ort, der von Bergen umgeben ist, wo die Barriere zwischen der Welt der Lebenden und der Geisterwelt unnatürlich dünn ist. Die Dorfbewohner erzählen seit langem Geschichten von Nonuki-sama, einem Gott, der angeblich auf dem Berg Nisayama wohnt, und die Familie Indou führt seit Generationen im Geheimen Rituale durch, um die übernatürlichen Kräfte dort einzudämmen. Jetzt, da Hikarus Körper unter ihnen wandelt, beginnen diese Kräfte in das Dorf einzudringen. Seltsame Todesfälle ereignen sich, geisterhafte Erscheinungen, bekannt als Unreinheiten, treten immer häufiger auf, und der fragile Frieden der Stadt beginnt zu bröckeln.

Die Entität, die Hikarus Gesicht trägt, ist ein Wesen von immenser Macht, aber ohne menschliche Moral. Sie versteht den Unterschied zwischen Leben und Tod nicht wirklich, und als eine ältere Frau sie als Nonuki-sama erkennt, tötet sie sie ohne Zögern. Dennoch sorgt sie sich aufrichtig um Yoshiki, die erste Person, die ihr Freundlichkeit erwiesen hat. Yoshiki seinerseits ist gefangen zwischen seiner Trauer um den verlorenen Freund und seinen wachsenden Gefühlen für die Kreatur, die dessen Platz eingenommen hat. Er hat Angst vor ihr, kann aber auch die einzige Version von Hikaru, die ihm geblieben ist, nicht im Stich lassen.

Sie sind nicht allein mit ihrem Geheimnis. Asako Yamagishi, eine aufmerksame Klassenkameradin mit übersinnlichen Fähigkeiten, wird misstrauisch gegenüber Hikaru und bezahlt das fast mit ihrem Leben. Rie Kurebayashi, eine mächtige Hausfrau, die Geister spüren und vertreiben kann, erkennt die Entität für das, was sie ist, und wird eine unbehagliche Verbündete. Sie erklärt, dass Hikaru weder ein Geist noch ein Dämon sei, sondern etwas, das jenseits des Kreislaufs von Leben und Tod selbst existiert. Sie werden auch von Tanaka verfolgt, einem mysteriösen Ermittler, der für eine unbekannte Firma arbeitet, von Hikaru fasziniert ist und verstörende Experimente an ihm durchführt, einschließlich der Abtrennung seines Kopfes, um seine Regeneration zu beobachten.

Im Verlauf der ersten Staffel entfaltet sich die Erzählung in zwei großen Handlungsbögen. Der Alltagsbogen folgt Yoshiki und der Hikaru-Entität, während sie versuchen, eine normale Existenz aufrechtzuerhalten, zur Schule gehen und Zeit miteinander verbringen, während sich übernatürliche Vorfälle um sie herum häufen. Als Yoshiki beginnt, die Geschichte von Kubitachi und der Nonuki-sama-Legende zu erforschen, geht die Geschichte in den Rätsellösungsbogen über. Die Jungen decken die Wahrheit über das gescheiterte Ritual der Familie Indou, die Dünne der spirituellen Barriere und die Tatsache auf, dass Hikaru, als er auf dem Berg lebte, als Blitzableiter für Unreinheiten fungierte. Indem er ging, hat er diesen gefährlichen Geistern erlaubt, in das Dorf zu strömen.

Die Staffel endet damit, dass die Entität, die die Hälfte ihrer selbst an Yoshiki geopfert hat, um ihre gewalttätigen Instinkte zu zügeln, erkennt, dass ihre Anwesenheit Hikarus Familie und Freunde daran hindert, zu trauern und weiterzuziehen. Sie bietet an, auf den Berg zurückzukehren, um die Unreinheiten wegzulocken. Doch Yoshiki, der endlich seine Gefühle artikulieren kann, bricht zusammen und bittet sie, zu bleiben. Er will die Kreatur selbst, nicht den Geist seines alten Freundes. Die Staffel endet damit, dass die beiden noch zusammen sind, das Rätsel, was Hikaru wirklich ist, ungelöst bleibt und Tanaka mit neuen Fragen auf sie zukommt, während die Barriere weiter schwächer wird.