Zwei Jungen, Yoshiki und Hikaru, verbindet eine enge Freundschaft in einem kleinen, abgeschiedenen Bergdorf. Eines Winters verschwindet Hikaru in den umliegenden Hügeln. Eine Woche später kehrt er scheinbar unversehrt zurück. Doch Yoshiki spürt sofort, dass etwas nicht stimmt. Die Person vor ihm hat Hikarus Gesicht, Stimme und Erinnerungen, aber der Junge, den er kannte, ist fort. Das Wesen, das nun Hikarus Körper trägt, ist etwas völlig anderes, ein uraltes, unmenschliches Geschöpf, das lange Zeit gefühllos durch die Berge streifte, bis es auf den sterbenden Jungen traf und beschloss, seine Gestalt anzunehmen. Mit dieser Realität konfrontiert, trifft Yoshiki eine schmerzhafte Entscheidung. Obwohl von Angst erfüllt, willigt er ein, das Geheimnis des Wesens zu wahren, da er diese Nachahmung seines Freundes dem völligen Verlust Hikarus vorzieht. Das Wesen, das zum ersten Mal menschliches Leben erfährt, entwickelt eine tiefe Bindung zu Yoshiki, die die Gefühle des ursprünglichen Hikaru übersteigt, doch sein Verständnis von Leben und Tod ist zutiefst fremdartig, und es bemerkt beiläufig, es sehe kaum einen Unterschied zwischen beiden.

Die Geschichte spielt in der bedrückenden Stadt Kubitachi, einem Ort mit einer dunklen Geschichte, die mit einer lokalen Gottheit oder einem Wesen namens Nonuki-sama verbunden ist. Vor Generationen bat ein Mitglied von Hikarus Familie, dem Indou-Klan, diese Gottheit, eine verstorbene Ehefrau wiederzubeleben, was zu massiver Gewalt führte. Als Buße führt die Indou-Familie seither ein Ritual durch, um die Gottheit am Berg Nisayama zu binden. Das Wesen, das nun als Hikaru lebt, könnte diese Gottheit oder etwas Ähnliches sein, und sein Abstieg vom Berg hat eine fragile Barriere durchbrochen, wodurch der Schleier zwischen der Menschenwelt und der Geisterwelt dünner wird. Unreinheiten, die Seelen und Emotionen der Toten, beginnen in das Dorf zu sickern und führen zu zunehmend gewalttätigen und bizarren Vorfällen.

Yoshiki ist der Protagonist, ein normaler Teenager, der mit Trauer, Angst und einer komplexen, wahrscheinlich romantischen Bindung an das Wesen kämpft, das seinen besten Freund ersetzt hat. Das Wesen namens Hikaru ist die andere zentrale Figur, ein unheimliches Geschöpf, das zugleich unschuldig und gefährlich ist, zu großer Zuneigung und beiläufigem Mord fähig. Asako Yamagishi ist eine Schulfreundin mit übersinnlichen Fähigkeiten, die Hikaru misstrauisch wird und deswegen fast ihr Leben verliert. Rie Kurebayashi ist eine kenntnisreiche Hausfrau und mächtige Hellseherin, die Yoshiki hilft, die übernatürlichen Gefahren zu verstehen, und erforscht, was Hikaru sein könnte. Tanaka ist ein rätselhafter Agent, der für ein mysteriöses Unternehmen arbeitet und zur Untersuchung der Störungen geschickt wird; er hat seine eigene Agenda und scheut nicht davor zurück, extreme Experimente an Hikaru durchzuführen, wie etwa seinen Kopf abzutrennen, um seine Regeneration zu beobachten.

Die Erzählung folgt mehreren Handlungsbögen. Der Alltagsbogen etabliert die beunruhigende neue Normalität, während Yoshiki und das Hikaru-Wesen versuchen, miteinander zu leben, wobei das Wesen Yoshiki vor anderen Geistern schützt, während es mit seinen eigenen mörderischen Impulsen kämpft. Im Aufklärungsbogen tauchen Yoshiki und Hikaru in die Geschichte von Kubitachi und der Indou-Familie ein, um die wahre Herkunft des Wesens aufzudecken, während sie von Tanaka gejagt werden. Der fortlaufende Loch-Schließungsbogen umfasst die gemeinsamen Bemühungen von Yoshiki, Hikaru, Rie und anderen, den spirituellen Riss zu versiegeln und den Zustrom von Unreinheiten zu stoppen, was das Wesen zwingt, sich seiner eigenen Natur und dem Schmerz, den es verursacht, zu stellen, indem es die Angehörigen des echten Hikaru daran hindert, zu trauern und weiterzuleben. Damit konfrontiert, bietet das Wesen an, zum Berg zurückzukehren, doch ein zutiefst verzweifelter Yoshiki gesteht schließlich, dass er möchte, dass das Wesen, das jetzt bei ihm ist, bleibt, egal was es ist.