Ein riesiges Monster namens Gaea-tima erhebt sich aus dem Meer und verwüstet die kleine japanische Küstenstadt Sukuba. Zehn Jahre nach dieser Katastrophe hat sich die widerstandsfähige Gemeinde zu einem ungewöhnlichen Touristenziel wiederaufgebaut und nutzt die Bekanntheit des Angriffs aus. Die dunkle Vergangenheit der Stadt ist nun ein Verkaufsargument, wobei eine lokale Überlebende namens Miyako ihren Lebensunterhalt damit bestreitet, handgefertigte Miniatur-Repliken der Kreatur zu verkaufen, die einst ihr Zuhause zu zerstören versuchte. Sie wird von dem Trauma jenes Tages verfolgt, doch die wirtschaftliche Abhängigkeit ihrer Nachbarn vom Ruhm des Monsters lässt sie nicht vollständig aus seinem Schatten entkommen.

Dieser brüchige Frieden wird zerstört, als ein neues und anderes Kaiju, Hettorga, auftaucht und die Stadt bedroht. In einer schockierenden Wendung taucht das ursprüngliche Gaea-tima plötzlich wieder auf, nicht um anzugreifen, sondern um diesen neuen Rivalen zu bekämpfen und zu besiegen, bevor es erneut verschwindet. Dieses Ereignis zieht die Aufmerksamkeit der Kaiju-Biologieforschungsagentur FUNE und ihres Leiters, des entschlossenen Ozeanografen Tatsukuni Matsushima, auf sich. Bei der Untersuchung des Vorfalls macht das Team eine verblüffende Entdeckung: Gaea-tima scheint eine starke psychologische und biologische Verbindung zu Miyako aufgebaut zu haben und behandelt sie als Objekt der Prägung. Diese Bindung reißt Miyako aus ihrem passiven Dasein und zieht sie ins Zentrum der Operationen von FUNE.

Während Miyako mit ihrer Rolle als potenzielle Brücke zwischen der Menschheit und den „Gigantis“ kämpft, erweitert die Serie ihren Fokus über einfache Monsterangriffe hinaus. Die Erzählung erkundet die Ursprünge dieser Kreaturen und die mehrdeutige Natur ihrer Absichten. Als ein unterirdisches Kaiju angreift, verteidigt Gaea-tima die Region, doch dies beruhigt weder die Ängste des Militärs noch der Öffentlichkeit. Die Geschichte vertieft sich mit der Einführung von Hibari Esashi, einer rätselhaften Figur, die ein mächtiges geflügeltes Kaiju namens Tsubagra kontrollieren kann. Hibaris komplizierte Vergangenheit und ihre Manipulation der Kreaturen für ihre eigenen Zwecke zwingen Miyako und Tatsukuni zu der Frage, ob eine Koexistenz möglich ist oder Gewalt die einzige Sprache ist, die Menschen und Kaiju teilen.

In den folgenden Handlungsbögen lernt Miyako, in die Träume von Gaea-tima einzutauchen und eine telepathische Verbindung zu schmieden, die es ihr ermöglicht, seine Beweggründe zu verstehen. Unterdessen verwischen andere Bewohner von Sukuba, wie ein gutherziger, aber gemobbter Junge namens Yutaka, der unerwartet eine Bindung zu einem anderen Kaiju aufbaut, weiter die Grenze zwischen Freund und Feind. Während die Verteidigungskräfte versuchen, die eskalierende Situation unter Kontrolle zu bringen, muss Miyako sich der zentralen Frage der Serie stellen: ob die Menschheit in der Lage ist, auf immense Gewalt mit etwas anderem als noch mehr Gewalt zu reagieren, oder ob eine tiefere, symbiotischere Beziehung mit diesen Naturkräften möglich ist.