Ein gewöhnlicher japanischer Angestellter, Takumi Iruma, wird versehentlich in einen Heldenbeschwörungszauber verwickelt und in die Fantasiewelt Mildgard transportiert. Da er nicht zur Erde zurückkehren kann, erweckt ihn die Göttin Nolyn als 17-Jährigen wieder und bietet ihm als Entschädigung eine beliebige Fähigkeit an. In der Hoffnung auf ein ruhiges, friedliches Leben wählt er Alchemie, nur um festzustellen, dass es sich um eine außergewöhnlich mächtige Fähigkeit handelt, die es ihm ermöglicht, fast alles zu erschaffen, von heiligen Schwertern bis hin zu fliegenden Schiffen. Mit einem Neuanfang strebt Takumi ein bescheidenes Leben an, doch seine einzigartigen Erfindungen und wachsende Macht ziehen unweigerlich weitreichende Aufmerksamkeit auf sich.

Die Geschichte spielt in Mildgard, einer Welt voller Schwerter, Magie und politischer Intrigen, in der Alchemie eine fast vergessene Kunst ist. Takumi lässt sich zunächst in der Stadt Bolton nieder, tritt der Abenteurergilde bei und baut sich ein Leben auf. Seine Reise beginnt mit einem Fokus auf handwerkliche Arbeiten im kleinen Maßstab, wie der Erfindung einer magischen Toilette und der Herstellung von luxuriöser Spinnenseide, was ihn schnell als erfolgreichen Händler etabliert. Seine friedlichen Tage ändern sich, als er eine mächtige Killer-Spinne namens Maple zähmt, die zu einer treuen Begleiterin und Übersetzerin wird, und eine Gruppe mit der schönen Elfenkriegerin Sofia Sylphid und seiner fröhlichen Haushälterin Maria bildet. Die Gruppe übernimmt Aufträge, besiegt Monster wie Kobolde und einen Koboldgeneral und erkundet Dungeons, während Takumi seine Fähigkeiten verbessert und neue magische Kräfte freischaltet.

Mit wachsendem Ruf zieht Takumi die Aufmerksamkeit mächtiger Persönlichkeiten auf sich. Das Heilige Sidonia-Imperium interessiert sich für seine Reinigungsmagiegeräte, während das Königreich Barcula seine Hilfe bei Pionierbemühungen sucht. Ein zentraler Handlungsbogen führt Takumi in die Königshauptstadt, wo er das fuchsöhrige Sklavenmädchen Reyva erwirbt, das sein Interesse an Alchemie teilt, und später das hasenöhrige Máni zu seinem wachsenden Haushalt hinzufügt. Die Geschichte spitzt sich zu, als sich herausstellt, dass Nolyn Takumi ein Jahr vor der Beschwörung von drei offiziellen Helden durch das Heilige Sidonia-Imperium zu finsteren Zwecken nach Mildgard geschickt hat. Dies führt zu einem größeren Konflikt zwischen der Göttin und dem Imperium. Die Serie endet mit einer großen Schlacht, in der Takumi und seine Gruppe, bekannt als die Flügel Nolyns, ihre Festungsstadt Wedgefort vor einer riesigen Monsterhorde verteidigen, einer direkten Folge der Heldenbeschwörung des Imperiums und der zunehmenden Unruhen im Land.