Auf Monster Island, einem seltsamen Land, das von verkleinerten, super-deformierten Versionen klassischer Kaiju bewohnt wird, träumt das optimistische junge Geschöpf Chibi Godzilla davon, eines Tages groß genug zu werden, um eine Umarmung von seinem kolossalen Vater, dem legendären König der Monster, zu verdienen. Seine tägliche Routine aus harmlosen Streichen wird gestört, als ein amnesischer Roboter, Chibi Mechagodzilla, an der Küste angespült wird. Nachdem er durch den verspielten Hitzestrahl von Chibi Godzilla gewaltsam aufgeweckt wurde, beschließt der logische und korrekte Mecha, sich mit dem enthusiastischen Monster anzufreunden, und bildet so ein ungewöhnliches Duo, das die vielen Eigenheiten der Insel erkundet.

Die Serie folgt hauptsächlich diesem Paar, während es die Exzentrizitäten der Bewohner von Monster Island erlebt, oft durch schnelle Manzai-artige Comedy-Einlagen, in denen Chibi Mechagodzilla als genervter Straight Man zur absurden Logik seiner Monsterfreunde dient. Ihr Freundeskreis umfasst den dreiköpfigen Chibi Ghidorah, dessen Köpfe sich ständig streiten und widersprechen; die schüchterne göttliche Motte Chibi Mothra, die durch die Zwillings-Feenpriesterinnen, bekannt als die Shobijin, kommuniziert; und den unglaublich eitlen Pteranodon Chibi Rodan, dessen Ego so zerbrechlich ist, dass er bei der geringsten Kritik ohnmächtig wird. Die Insel beherbergt auch eine barführende Mutantenpflanze namens Chibi Biollante, ein menschenverleumdendes Smog-Monster namens Chibi Hedorah und Chibi Anguirus, dessen Stimme zu unverständlichem Gebrüll gebrochen ist.

Im Verlauf der zweiten Staffel weitet sich die Handlung über einfache Vorstellungen hinaus. Chibi Godzilla wird mit seiner energiegeladenen jüngeren Schwester, Chibi Minilla, wiedervereint, was eine neue Familiendynamik hinzufügt. Die Hintergrundgeschichte von Chibi Mechagodzilla wird erforscht, als das Cyborg-Monster Chibi Gigan auftaucht und enthüllt, dass der Roboter ursprünglich geschickt wurde, um Monster Island zu zerstören – eine Mission, an die er sich nicht mehr erinnern kann und die er nicht mehr zu Ende bringen kann. Weitere Handlungsstränge führen Chibi Gabara ein, der mehrere Teilzeitjobs ausübt, Chibi Titano als ineffektiven Randalierer und eine bedeutende Enthüllung, dass die stille Chibi Mothra heimlich ein leidenschaftlicher Otaku mit intensiven Hobbys ist. Während dieser Abenteuer setzt Chibi Godzilla seine Suche nach Anerkennung fort, die in Versuchen gipfelt, seinen distanzierten Vater zu necken, wie etwa dem Bau einer Nachbildung des Sauerstoffzerstörers, die für die winzigen Monster meist in chaotischen und lehrreichen Misserfolgen enden.