Akira Uehara ist ein sanfter, etwas femininer Oberschüler, der sich in seine Mitschülerin Nanako Momoi verliebt hat. Oberflächlich betrachtet wirkt Nanako wie ein niedliches Mädchen, doch sie ist berüchtigt für ihre gewalttätige, jähzornige und überaus burschikose Persönlichkeit, die die meisten ihrer Altersgenossen in Angst versetzt. Die Geschichte spielt in einer zeitgenössischen japanischen Stadt und konzentriert sich auf ihre Schule und Nanakos Zuhause.

Eines Tages nimmt Akira all seinen Mut zusammen und besucht Nanakos Haus, um Schulmaterialien abzugeben. Dort trifft er auf Nanakos Großvater, Manzou Momoi, einen exzentrischen und etwas faulen verrückten Wissenschaftler, der gerade eine seltsame neue Erfindung fertiggestellt hat. Bevor Akira die Situation vollständig erfassen kann, wird er in eines von Manzous Experimente hineingezogen. Ein Unfall mit der Maschine führt dazu, dass Akira und Nanako vollständig die Körper tauschen: Der schüchterne Akira steckt nun in Nanakos zierlichem Körper fest, während die aggressive Nanako in Akiras männlicher Gestalt gefangen ist.

Die Sache wird dadurch verkompliziert, dass die Maschine bei dem Vorgang kaputtgeht, sodass die beiden in den Leben des jeweils anderen festsitzen. Während Akira verzweifelt versucht, in seinen ursprünglichen Körper zurückzukehren und seine Männlichkeit zu bewahren, ist Nanako von der Situation begeistert. Ihre von Natur aus raue und bestimmende Persönlichkeit macht sie perfekt für das Leben als Junge geeignet, und sie beginnt, ihre neu gewonnene Freiheit zu genießen. In der Schule sorgt die Situation für ein Netz der Verwirrung. Akira, nun in Nanakos Körper, mildert unbeabsichtigt ihr Image mit seinem höflichen und sanften Auftreten ab und wird dadurch bei den Jungen, einschließlich seines besten Freundes Shinnosuke Senbongi, unglaublich beliebt, der sich in diese neue „Nanako“ verliebt. Währenddessen beginnt Nanako in Akiras Körper, mit ihrer Freundin Makoto Shiina auszugehen, die nichts von dem Tausch ahnt und den plötzlich mutigen und charismatischen Akira attraktiv findet.

Die Haupthandlung folgt den Versuchen des Duos, den Tausch rückgängig zu machen. Nanakos Großvater erklärt sich bereit, die Maschine wieder aufzubauen, stellt ihnen jedoch ein schwieriges Ultimatum: Sie müssen eine große Geldsumme für die Reparaturen auftreiben. Dies führt zu einer Reihe von komödiantischen Bemühungen, bei denen Akira und Nanako Gelegenheitsjobs annehmen, unter anderem in einem Maid-Café und in einem Resort in Okinawa. Während sie darum kämpfen, das Geld zu verdienen, schrumpfen ihre Ersparnisse ständig, oft um Nanakos Schulden zu begleichen oder aufgrund anderer Missgeschicke. Im Laufe dieses Prozesses beginnt Akira, das Leben aus weiblicher Perspektive zu erfahren, und Nanako lernt die sozialen Zwänge kennen, mit denen Akira als weniger durchsetzungsfähiger Junge konfrontiert ist. Die Erzählung erkundet dieses seltsame romantische Dreieck und das Quartett der Beziehungen, wobei der Fokus auf der wachsenden, unkonventionellen Bindung zwischen Akira und Nanako liegt, während sie ihr vertauschtes Leben meistern. Die Geschichte endet mit einem offenen Schluss, da die Frist verstreicht und der Großvater das Land verlässt, was das Paar zwingt, ihre neue Realität zu akzeptieren und weiterhin Geld für seine eventuelle Rückkehr zu sparen.