In einer Zukunft, die durch die Smart-Brain-Corporation verwandelt wurde, steht die Menschheit am Rande der Auslöschung. Mit Hilfe experimenteller Blumen, die Menschen in genetische Monster namens Orphnochs verwandeln, hat Smart Brain die Kontrolle über die Welt übernommen, wobei Orphnochs nun neunzig Prozent der Bevölkerung ausmachen. Die verbleibenden Menschen, nur noch wenige Tausend an der Zahl, leben im Verborgenen. Ihre letzte Hoffnung schien verloren, als Takumi Inui, der legendäre Kamen Rider Faiz, in einer Schlacht mit den Truppen von Smart Brain vermeintlich getötet wurde. Seitdem führt Takumis Freundin Mari Sonoda einen Widerstand und startet verzweifelte, aber vergebliche Angriffe auf den Hauptsitz des Konzerns, um die streng geheimen Kaiser-Gürtel zu stehlen, die als die ultimativen Rider-Systeme gelten.

Ohne Wissen des Widerstands hat Takumi überlebt, jedoch ohne Erinnerung an seine Vergangenheit. Er lebt nun still als Schuster namens Takeshi in einem versteckten menschlichen Refugium, das ironischerweise Paradies heißt, und wird von einer jungen Frau namens Mina versorgt. Unterdessen versucht ein Trio von Orphnochs – Yuji Kiba, Naoya Kaido und Yuka Osada –, die von einem friedlichen Zusammenleben zwischen Menschen und ihrer eigenen Art träumen, Frieden zu vermitteln. Ihr Treffen wird gewaltsam von Smart Brains Elitetruppen, den Riotroopers, unterbrochen, angeführt von ihrer neuesten und mächtigsten Waffe: dem geflügelten Kamen Rider Psyga. Als Psyga das Paradies angreift, verwandelt sich der Widerstandskämpfer Masato Kusaka in Kamen Rider Kaixa, um sich zu wehren, wird aber schnell getötet. Während des Chaos bringt ein Maskenball, der die Moral der Menschen stärken soll, Mari mit Takeshi von Angesicht zu Angesicht. Der Schock, seinen alten Freund zu sehen, durchbricht seine Amnesie, und Takumi Inui nimmt seine Identität und das Faiz-Gear wieder an, um sich erneut zu verwandeln und die angreifenden Truppen zu vernichten.

Der Widerstand ist jedoch misstrauisch gegenüber Takumi, da nur Orphnochs in der Lage sind, die Rider-Gears sicher zu benutzen, was viele vermuten lässt, dass er eines der Monster ist, gegen die sie kämpfen. Mina bestätigt dies, indem sie enthüllt, dass ihr Vater Takumi vor Jahren tödlich verwundet fand, ihn als Orphnoch erkannte und ihm falsche Erinnerungen einpflanzte, um ihm ein friedliches Leben zu ermöglichen. Sie gibt ihm den Faiz Blaster zurück, bevor sie von einem paranoiden Widerstandsmitglied, das den Gürtel für sich selbst haben will, erschossen und getötet wird. Yuji Kiba tötet den Verräter in Notwehr und gibt Takumi den Gürtel zurück, doch der Widerstand, der die drei freundlichen Orphnochs fürchtet, schickt sie auf einen Selbstmordauftrag ins Exil: in Smart Brain einzudringen und die Kaiser-Gürtel zu stehlen.

Im Hauptquartier von Smart Brain läuft der Auftrag schrecklich schief. Das monströse Elasmotherium-Orphnoch wird losgelassen, tötet Yuka und verschlingt Naoya. Yuji wird dann von einer getarnten Smart Lady getäuscht, die ihn glauben lässt, Mari habe sie verraten. Er wird gefangen genommen, während Smart Lady seine Verzweiflung nutzt, um ihn zu zwingen, mit einem der Kaiser-Gürtel zum dunklen Kamen Rider Orga zu werden. Zurück im Paradies verwendet der Mensch Keitaro Kikuchi ein ungetestetes Serum, um vorübergehend zu Kaixa zu werden und Mari vor einem weiteren Angriff zu retten, doch der Gürtel zerfällt. Mari wird dann von Psyga entführt und zur Smart-Brain-Super-Arena gebracht, um als Symbol für die Niederlage der Menschheit öffentlich hingerichtet zu werden.

Takumi eilt zur Arena und verwandelt sich in Faiz, um sie zu retten. Er kämpft gegen das Elasmotherium-Orphnoch und duelliert sich dann mit Psyga in der Luft, wobei er den himmlischen Rider schließlich mit der Faiz Edge zerstört. Doch Yuji Kiba erscheint, nun verwandelt in den goldgepanzerten Kamen Rider Orga, und greift Faiz wütend an. Überwältigt ist Takumi gezwungen, sein ultimatives Geheimnis zu enthüllen: Er ist der Wolf-Orphnoch. Als die beiden in ihren wahren Monsterformen aufeinandertreffen und dann zu ihren Rider-Formen zurückkehren, bricht das Elasmotherium-Orphnoch frei und bedroht erneut Mari. In einer letzten Tat der Erlösung kommt Yuji wieder zu Sinnen und opfert sich als Orga, um sie zu retten, sodass Faiz seine Blaster-Form annehmen und das riesige Monster zerstören kann. Mit seinem letzten Atemzug lässt Yuji Takumi versprechen, seinen Traum von der Koexistenz zu verwirklichen. Während die verdutzte Menge zuschaut, gehen Takumi und Mari gemeinsam aus der Arena und lassen das zerstörte Stadion hinter sich, um nach einem Ort zu suchen, an dem Menschen und Orphnochs endlich in Frieden leben können.