".hack//SIGN" spielt in der virtuellen MMORPG-Welt "The World", einem weit verbreiteten Online-Rollenspiel. Die Handlung konzentriert sich auf Tsukasa, einen Spieler, der im Spiel gefangen ist und sich nicht ausloggen kann. Tsukasa besitzt einzigartige Fähigkeiten, die ihn von anderen Spielern unterscheiden, darunter die Fähigkeit, NPCs zu kontrollieren und Schmerzen im Spiel zu empfinden. Diese Besonderheiten machen ihn zu einer mysteriösen Figur, die von anderen Spielern sowohl bewundert als auch gefürchtet wird. Im Laufe der Serie wird Tsukasa von verschiedenen Charakteren begleitet, die versuchen, das Geheimnis um seine Situation zu lüften. Dazu gehören Mimiru, eine neugierige und freundliche Spielerin, die sich um Tsukasa kümmert; Bear, ein erfahrener Spieler und Anführer einer Gilde; und BT, eine rätselhafte Figur, die Informationen über das Spiel sammelt. Auch Subaru, die Anführerin der "Schwertgilde", spielt eine wichtige Rolle, da sie eine enge Verbindung zu Tsukasa entwickelt und versucht, ihm zu helfen. Die Handlung entfaltet sich langsam und legt den Fokus auf die psychologischen Aspekte der Charaktere sowie auf die Beziehungen zwischen ihnen. Es wird deutlich, dass "The World" mehr ist als nur ein Spiel, da es tiefgreifende Auswirkungen auf das reale Leben der Spieler hat. Im Hintergrund gibt es Hinweise auf eine größere Bedrohung, die mit dem Spiel selbst verbunden ist, einschließlich der Existenz eines mysteriösen Programms namens "Aura", das als Schlüssel zu Tsukasas Befreiung gilt. Die Serie erkundet Themen wie Identität, Einsamkeit und die Grenzen zwischen virtueller und realer Welt. Tsukasas Vergangenheit und seine Beziehung zu anderen Spielern werden nach und nach enthüllt, während die Handlung auf ein finales Ereignis zusteuert, das die Zukunft von "The World" und seiner Spieler entscheidend beeinflusst. Die Erzählung bleibt oft rätselhaft und lässt Raum für Interpretationen, was die Serie zu einem komplexen und nachdenklichen Werk macht.