In der friedlichen japanischen Stadt Mikado öffnete sich einst ein Tor zu einer anderen Welt, das interdimensionalen Invasoren, bekannt als Nachbarn, den Weg freigab. Herkömmliche Waffen erwiesen sich gegen sie als nutzlos, doch eine mysteriöse Organisation namens Grenzschutzbehörde kämpfte mit speziellen Waffen, den Triggern, die die Lebensenergie eines Benutzers, Trion genannt, in Kampffähigkeiten umwandeln. Vier Jahre später hat die Grenzschutzbehörde eine riesige Basis errichtet und steht als Schutzschild der Menschheit da, obwohl die Bedrohung durch Angriffe der Nachbarn ständig präsent bleibt.

Osamu Mikumo ist ein rangniedriger Agent der Grenzschutzbehörde mit sehr wenig Trion, aber einem starken Gerechtigkeitssinn. Sein Leben verändert sich, als er an der Schule einen neuen Mitschüler trifft, Yuma Kuga. Nachdem Osamu Yuma vor Schlägern verteidigt hat, gerät er selbst in einen Angriff der Nachbarn. Als Osamu mit seinem eigenen Trigger gegen den Eindringling kämpft, greift Yuma ein und besiegt die Kreatur mit erstaunlicher Leichtigkeit, indem er eine einzigartige und unglaublich mächtige Waffe einsetzt, einen Schwarzen Trigger. Osamu erfährt bald die Wahrheit: Yuma selbst ist ein Nachbar aus der anderen Dimension, bekannt als die Nachbarschaft, und der Schwarze Trigger, den er besitzt, ist ein legendäres Artefakt, das aus dem Leben seines eigenen Vaters erschaffen wurde. Ihre Begegnung setzt einen Konflikt um die Macht des Schwarzen Triggers in Gang, der die Aufmerksamkeit sowohl der Elite-Agenten der Grenzschutzbehörde als auch feindlicher Kräfte auf sich zieht.

Yuma tritt gemeinsam mit Osamu der Grenzschutzbehörde bei, ebenso wie ihre Freundin Chika Amatori, ein junges Mädchen mit enormen Trion-Reserven, das zögert zu kämpfen. Die Geschichte folgt dem Trio, während sie trainieren, an Ranglistenkämpfen gegen andere Trupps der Grenzschutzbehörde teilnehmen und sich eskalierenden Bedrohungen stellen, darunter eine massive koordinierte Invasion der Nachbarn in Mikado City. Das Reboot-Projekt umfasst die Erzählung von Anfang an, einschließlich des Schwarzer-Trigger-Eroberungsbogens, der die Partnerschaft von Yuma und Osamu einführt, des Grenzschutzbehörde-Anwerbungsbogens, des Großangriffsbogens, in dem die Stadt ihrer größten Krise gegenübersteht, und des B-Rang-Kriegsbogens, der sich auf Teamkämpfe und Strategie konzentriert.