Die Tokyo Metropolitan Advanced Nurturing High School ist eine staatliche Einrichtung, die vorgibt, Japans zukünftige Elite auszubilden. Die Schüler werden in vier Klassen von A bis D eingeteilt, wobei Klasse A die meisten Privilegien erhält und Klasse D als die niedrigste Stufe behandelt wird. Die Schule arbeitet mit dem S-System, bei dem jede Klasse monatlich „Private Points“ basierend auf der Gesamtleistung und dem Verhalten erhält. Die Schüler können diese Punkte für alles auf dem Campus ausgeben, von Lebensmitteln bis hin zu Luxusgütern. Aber das System ist weitaus gnadenloser, als es scheint: Die Klassen müssen ständig in speziellen Prüfungen konkurrieren, die zu Punktverlust, Degradierung oder sogar zum Ausschluss führen können.

Kiyotaka Ayanokōji schreibt sich in Klasse D ein und versucht zunächst, sich zurückzuhalten, aber seine Pläne für ein ruhiges Schulleben werden gestört, als er Suzune Horikita trifft, eine brillante, aber sozial isolierte Schülerin, die entschlossen ist, in Klasse A aufzusteigen, und Kikyō Kushida, ein freundliches und beliebtes Mädchen, das eine manipulative und rachsüchtige Seite verbirgt. Ihr Klassenlehrer, Sae Chabashira, enthüllt, dass die Schule nicht alle Regeln offenlegt; die Rangfolge der Klassen wird durch weit mehr als nur Testergebnisse bestimmt.

Der erste große Handlungsbogen dreht sich darum, dass die Klasse entdeckt, dass ihre monatlichen Punkte aufgrund angesammelter Verstöße auf null reduziert wurden. Ohne Punkte können die Schüler keine notwendigen Dinge kaufen oder sogar für Prüfungswiederholungen bezahlen. Ayanokōji und Horikita beginnen hinter den Kulissen zu arbeiten, um Mitschülern zu helfen, die Gefahr laufen, die Zwischenprüfungen nicht zu bestehen. Sie nutzen Punkte, um von leistungsstärkeren Schülern „bestandene Noten“ zu kaufen, und sichern so das Überleben mehrerer Mitschüler.

Kurz darauf wird Ken Sudō, ein hitzköpfiger Schüler der Klasse D, beschuldigt, drei Schüler der Klasse C angegriffen zu haben. Der Schülerrat, angeführt von Manabu Horikita (Suzunes älterem Bruder), hält eine Anhörung ab, um über Sudōs Ausschluss zu entscheiden. Ayanokōji und Suzune installieren eine versteckte Kamera, um zu enthüllen, dass die Schüler der Klasse C lügen, was sie dazu zwingt, die Beschwerde fallen zu lassen, und Sudō rettet.

Die Schule führt dann ihren ersten speziellen Test durch: eine Überlebensprüfung auf einer einsamen Insel. Jede Klasse erhält 300 Punkte und muss einen geheimen Anführer bestimmen. Die Klasse mit den meisten Punkten am Ende gewinnt, aber wenn die Identität des Anführers von einer anderen Klasse erraten wird, werden ihre eigenen Punkte halbiert. Trotz interner Sabotage – einschließlich des Diebstahls von Horikitas Schlüsselkarte – identifiziert Ayanokōji korrekt die Anführer sowohl der Klasse A als auch der Klasse C, während er sicherstellt, dass der eigene Anführer der Klasse D verborgen bleibt. Klasse D gewinnt, erhält Punkte und steigt in der Rangliste auf.

Der nächste spezielle Test, der Zodiac-Test, teilt die Schüler in zwölf Gruppen nach Sternzeichen ein, jede mit einem versteckten „VIP“. Die Gruppen müssen diskutieren und über die Identität des VIPs abstimmen. Die Regeln erlauben Verrat und Täuschung. Während dieses Tests entdeckt Ayanokōji Kei Karuizawas Vergangenheit als Mobbingopfer und schließt einen Pakt mit ihr: Er wird sie vor Schaden schützen im Austausch für ihre zukünftige Zusammenarbeit als Verbündete.

Die Schule veranstaltet ein Sportfest, bei dem Klasse D mit Klasse A gegen Klasse B und Klasse C antritt. Kakeru Ryūen, der rücksichtslose Anführer der Klasse C, platziert einen Verräter in Klasse D, um ihre Leistung zu sabotieren. Trotzdem gewinnt Ayanokōji ein entscheidendes Staffelrennen gegen den Schülerratspräsidenten Manabu Horikita, obwohl Klasse D insgesamt den letzten Platz belegt.

Die Paper-Shuffle-Prüfung folgt, bei der Klassen Testfragen für ihre Rivalen entwerfen. Klasse D tritt gegen Klasse C an. Horikita organisiert Lerngruppen, und Ayanokōji verhindert, dass Kushida die Prüfungsarbeiten der Klasse sabotiert, indem er sie mit dem Wissen über ihre geheime Vergangenheit erpresst.

Ryūen, frustriert über seine Unfähigkeit, den wahren Strategen der Klasse D zu entlarven, entführt Kei Karuizawa und verhört sie auf einer Baustelle, wobei er sie physisch und psychisch foltert. Ayanokōji trifft ein, besiegt Ryūen und seine Komplizen in einem Kampf und offenbart sich als der Drahtzieher hinter den Erfolgen der Klasse D. Ryūen übernimmt die Verantwortung für den Vorfall und tritt als Anführer der Klasse C zurück. Infolgedessen wird die ursprüngliche Klasse D zur Klasse C befördert.

Die Abschlussprüfungen des ersten Jahres umfassen ein gemischtes Trainingslager, bei dem die Schüler nach Geschlecht und Klassenstufe aufgeteilt werden, was Zusammenarbeit zwischen rivalisierenden Klassen in traditionellen Künsten, körperlicher Ausdauer und einem schriftlichen Test erfordert. Dann kommt die Notfall-Klassenabstimmungsprüfung: Jeder Schüler stimmt mit „Lob“ und „Tadel“ für Mitschüler. Der Schüler mit den meisten Tadelsstimmen in jeder Klasse wird ausgeschlossen. Dies führt zum Ausschluss von drei Schülern, darunter Yamauchi Haruki aus der ursprünglichen Klasse D.

Das Jahr endet mit der Event-Auswahlprüfung, bei der Klassenleiter Veranstaltungen wie Schach, Basketball und schriftliche Tests wählen. Ayanokōji tritt gegen Arisu Sakayanagi von Klasse A in einer Schachpartie an. Obwohl sein Zug zum Sieg geführt hätte, manipuliert der amtierende Direktor Tsukishiro das Computersystem der Schule, um das Ergebnis zu ändern und Klasse A den Sieg zu geben. Das erste Jahr endet damit, dass die ursprüngliche Klasse D zur Klasse C befördert wird und nun noch größeren Herausforderungen gegenübersteht.

Das zweite Jahr beginnt mit neuen speziellen Prüfungen und der Einführung einer neuen Kohorte von Erstklässlern, darunter mindestens einer, von dem Ayanokōji vermutet, dass er aus derselben mysteriösen „White Room“-Einrichtung stammt, die seine eigene Erziehung geprägt hat. Der Wettbewerb wird komplexer, mit neuen Allianzen, Verrat und einer wachsenden Bedrohung durch den Schülerratspräsidenten Miyabi Nagumo, der versucht, die alte Hierarchie zu zerschlagen. Ayanokōji manipuliert weiterhin die Ereignisse aus dem Schatten, aber seine Vergangenheit beginnt ihn einzuholen.

Im Laufe der Serie gehören zu den Schlüsselfiguren die unabhängige Honami Ichinose (Klasse B), die berechnende Arisu Sakayanagi (Klasse A, die Ayanokōji als ebenbürtig respektiert), der gewalttätige, aber gerissene Kakeru Ryūen, die loyale, aber traumatisierte Kei Karuizawa und die ehrgeizige, aber zunächst distanzierte Suzune Horikita. Ayanokōji selbst bleibt ein Rätsel: ein in Isolation aufgewachsenes Wunderkind, emotional distanziert, aber dennoch zu außergewöhnlicher Empathie und strategischem Denken fähig, wenn es seinen Zielen dient. Die Geschichte ist ein psychologischer Thriller über Leistungsgesellschaft, Manipulation, die menschliche Natur und die Kosten des sozialen Aufstiegs.