Das feudale Japan während der Edo-Zeit ist der Schauplatz einer Verschwörung, die das Tokugawa-Shogunat zu stürzen droht. Der Yamashiro-Clan fördert heimlich Gold und verschifft es an den Toyotomi-Shogun der Finsternis, der mit dem Reichtum fortschrittliche spanische Waffen kaufen und die Macht an sich reißen will. Als das goldbeladene Schiff in einem Sturm auf dem Gebiet der Mochizuki strandet, massakrieren die Acht Teufel von Kimon, ein Team von Ninjas mit übernatürlichen Fähigkeiten, die von den Yamashiro angeheuert wurden, das nahe gelegene Dorf Shimoda, um die Lieferung geheim zu halten. Bei der Untersuchung der Todesfälle wird ein Mochizuki-Koga-Ninja-Team von den Teufeln niedergemetzelt. Die einzige Überlebende, eine Kunoichi namens Kagero, wird von einem der Teufel, dem steinhäutigen Tessai, gefangen genommen, der versucht, sie zu vergewaltigen.

Kagero wird von Kibagami Jubei gerettet, einem Söldnerschwertkämpfer und ehemaligen Yamashiro-Ninja, der nun als Ronin umherzieht. Jubei tötet Tessai, wird aber bald von Dakuan erpresst, einem gerissenen Spion der Tokugawa-Regierung. Dakuan sticht Jubei mit einem vergifteten Shuriken und verspricht ein Gegengift nur, wenn Jubei hilft, die verbleibenden Teufel zu beseitigen. Jubei erfährt, dass der Anführer der Teufel Himuro Gemma ist, sein ehemaliger Kommandant, der fünf Jahre zuvor befohlen hatte, dass sich sein eigenes Ninja-Team gegenseitig tötet, um den Standort der Goldmine zu verbergen. Jubei hatte diesen Verrat überlebt und Gemma aus Rache enthauptet, aber Gemma überlebte aufgrund seiner Unsterblichkeit und versucht nun, die Verschwörung zu vollenden.

Kagero, deren Körper mit tödlichen Toxinen durchsetzt ist, die jeden töten, der ihr intim wird, erklärt sich bereit, sich Jubei und Dakuan anzuschließen. Das Trio entdeckt, dass die Dorfbewohner von Shimoda durch vergiftetes Wasser getötet wurden, das wie eine Seuche aussehen sollte. Sie werden von drei weiteren Teufeln angegriffen: Mushizo, der einen Bienenschwarm aus einem Tumor auf seinem Rücken kontrolliert; Zakuro, ein Meister der Sprengstoffe; und Utsutsu Mujuro, ein blinder Schwertkämpfer mit übermenschlichem Gehör. Jubei tötet Mushizo und Utsutsu, während Zakuro entkommt. Der Spur folgend, schließt Kagero, dass das Gold zum Hafen von Kashima gebracht wurde, um auf das Schiff des Shoguns der Finsternis umgeladen zu werden.

In Kashima kämpft Jubei gegen Shijima, einen Teufel, der Schatten kontrollieren und andere hypnotisieren kann. Kagero schickt eine Nachricht an den Mochizuki-Kämmerer Sakaki Hyobu, damit er seine Armee bringt. Dakuan enthüllt, dass die einzige Heilung für Jubeis Gift darin besteht, mit Kagero zu kopulieren, da ihre Toxine seines neutralisieren würden. Als sie sich ihm anbietet, lehnt Jubei ab und priorisiert die Aufhaltung der Goldlieferung. Kagero geht, um Sakaki zu treffen, aber er sticht sie nieder und entpuppt sich als Gemma in Verkleidung, der den echten Kämmerer ermordet hat. Wütend kämpft sich Jubei durch Wellen von Feinden und wird beinahe von Yurimaru getötet, Gemmas rechter Hand und einem Teufel, der Fäden elektrifizieren und unsichtbar werden kann. Eine von Zakuro als Falle für Yurimaru zurückgelassene, mit Schießpulver präparierte Ratte tötet den Teufel, sodass Jubei entkommen kann. Er findet Kagero tödlich verwundet; sie gesteht ihm ihre Liebe und sie küssen sich, was Jubeis Vergiftung heilt, bevor sie stirbt und ihm ihr Stirnband als Andenken gibt.

Jubei und Dakuan gehen an Bord des abfahrenden Schiffs. An Bord tötet Gemma den Gesandten des Shoguns der Finsternis und enthüllt seinen wahren Plan, das Gold zu nutzen, um seine eigene Ninja-Armee aufzustellen und Japan zu terrorisieren, anstatt den Toyotomi zu dienen. Jubei und Dakuan setzen das Schiff in einer Konfrontation mit Zakuro in Brand. In einem brutalen Endkampf kämpft Jubei gegen Gemma, während das Gold durch die Hitze schmilzt, den unsterblichen Anführer verschlingt und ihn auf den Meeresgrund sinken lässt. Dakuan dankt Jubei für seine Menschlichkeit, und Jubei nimmt seine einsame Wanderschaft wieder auf, nun mit Kageros Stirnband, das an den Knauf seines Schwerts gebunden ist.