"Märchen Mädchen" ist eine Anime-Serie, die auf einem ursprünglich geplanten Multimedia-Projekt basiert. Die Handlung dreht sich um Hazuki Kagimura, ein schüchternes Mädchen, das nach dem Tod ihrer Mutter ein neues Zuhause bei ihrem Stiefvater findet. Dort fühlt sie sich jedoch fehl am Platz und sucht Trost in Büchern, insbesondere in Märchen. Eines Tages entdeckt sie eine mysteriöse Bibliothek, die sie in eine andere Welt führt. Dort trifft sie auf Shizuka Tsuchimikado, die Direktorin einer Schule für Mädchen, die sogenannte "Märchen Mädchen". Diese Schülerinnen besitzen die Fähigkeit, die Kräfte legendärer Märchenfiguren zu nutzen, indem sie sich mit deren "Ursprungsbüchern" verbinden.

Hazuki wird in diese Schule aufgenommen und erhält ihr eigenes Ursprungsbuch, das sie mit der Figur "Cinderella" verbindet. Durch diese Verbindung erlangt sie magische Kräfte, muss jedoch auch lernen, mit den Herausforderungen und Verantwortungen umzugehen, die damit einhergehen. Die Serie begleitet Hazuki bei ihrer Entwicklung von einem unsicheren Mädchen zu einer selbstbewussteren jungen Frau, die sich in der Welt der Märchen Mädchen zurechtfindet. Dabei begegnet sie verschiedenen Charakteren, darunter Claire Hazelnut, eine impulsive und kämpferische Schülerin, und Tamaki Kagari, eine ruhige und besonnene Begleiterin.

Die Handlung konzentriert sich auf Hazukis Versuche, ihre neuen Fähigkeiten zu meistern, während sie gleichzeitig die Geheimnisse der Schule und ihrer Schülerinnen erforscht. Dabei gerät sie in Konflikte mit anderen Märchen Mädchen, die ihre eigenen Ziele und Motivationen verfolgen. Die Serie thematisiert Themen wie Selbstfindung, Freundschaft und die Kraft der Geschichten, während sie eine Welt voller Magie und Abenteuer präsentiert.