"Blue Gender: The Warrior" ist ein Anime-Film, der auf der gleichnamigen Serie "Blue Gender" basiert und eine komprimierte Version der Handlung präsentiert. Die Geschichte spielt in einer dystopischen Zukunft, in der die Menschheit vom Aussterben bedroht ist. Eine außerirdische Spezies, bekannt als die Blue, hat die Erde überrannt und die meisten menschlichen Zivilisationen zerstört. Die Blue sind insektoide Kreaturen, die sich von Menschen ernähren und deren Überleben gefährden.

Der Protagonist Yuji Kaido wird im Jahr 2009 in einen künstlichen Schlaf versetzt, nachdem bei ihm eine unheilbare Krankheit diagnostiziert wurde. Er erwacht im Jahr 2031 und findet eine völlig veränderte Welt vor. Die überlebenden Menschen haben sich auf die Raumstation Second Earth zurückgezogen, die als letzte Bastion der Menschheit dient. Yuji wird von Soldaten der Raumstation gerettet, die ihn als "Schläfer" identifizieren – einen Menschen, der vor der Invasion der Blue in Kryostase versetzt wurde.

Yuji trifft auf die toughe Soldatin Marlene Angel, die ihn nach Second Earth bringen soll. Während ihrer Reise wird deutlich, dass Yuji eine besondere Rolle im Kampf gegen die Blue spielt. Seine DNA enthält einzigartige Eigenschaften, die ihn zu einem potenziellen Schlüssel für die Rettung der Menschheit machen. Die Beziehung zwischen Yuji und Marlene entwickelt sich im Laufe der Geschichte, wobei Marlene anfangs skeptisch gegenüber Yujis Fähigkeiten ist, sich jedoch später auf ihn verlässt.

Auf Second Earth angekommen, erfährt Yuji, dass die Führung der Station einen radikalen Plan verfolgt, um die Blue zu besiegen: die Zerstörung der Erde, um die Bedrohung endgültig auszulöschen. Yuji und Marlene stellen sich gegen diesen Plan, da sie glauben, dass es einen anderen Weg gibt, die Menschheit zu retten. Sie schließen sich einer Gruppe von Widerstandskämpfern an, die auf der Erde überlebt haben, und kämpfen gemeinsam gegen die Blue.

Der Film beleuchtet Themen wie Überleben, Hoffnung und die moralischen Dilemmata, die mit extremen Maßnahmen zur Rettung der Menschheit verbunden sind. Yujis Entwicklung von einem verängstigten Schläfer zu einem entschlossenen Kämpfer steht im Mittelpunkt der Handlung, während Marlene als erfahrene Soldatin eine pragmatische, aber letztlich mitfühlende Perspektive einbringt. Die Geschichte endet mit einem offenen Finale, das Raum für Interpretationen lässt, ob die Menschheit tatsächlich eine Zukunft hat.