"Die Mitternachtstiere" ist eine Anime-Serie, die in einer mysteriösen Welt spielt, in der nachts magische Kreaturen, die sogenannten Mitternachtstiere, zum Leben erwachen. Diese Wesen sind normalerweise unsichtbar und existieren nur in der Dunkelheit, doch sie haben einen tiefgreifenden Einfluss auf die menschliche Welt. Die Handlung konzentriert sich auf eine Gruppe von Jugendlichen, die zufällig die Fähigkeit erlangen, diese Tiere zu sehen und mit ihnen zu interagieren. Jeder der Protagonisten hat eine einzigartige Verbindung zu einem bestimmten Mitternachtstier, das ihre Persönlichkeit und ihre inneren Konflikte widerspiegelt.

Die Hauptfigur, Kaito, ist ein zurückhaltender Schüler, der nachts oft allein durch die Stadt streift. Eines Abends trifft er auf einen schattenhaften Wolf, der ihn vor einer drohenden Gefahr warnt. Dieser Wolf, genannt Lunos, wird zu Kaitos Begleiter und offenbart ihm, dass die Mitternachtstiere nicht nur existieren, sondern auch eine wichtige Rolle im Gleichgewicht der Welt spielen. Zusammen mit anderen Jugendlichen, die ähnliche Begegnungen hatten, bildet Kaito eine Gruppe, die versucht, die Geheimnisse der Mitternachtstiere zu entschlüsseln und ihre Bedrohungen abzuwehren.

Unter den weiteren Hauptcharakteren befindet sich Yuna, eine ehrgeizige Schülerin, die von einem schillernden Phönix begleitet wird, der ihre Entschlossenheit und ihren Wunsch nach Veränderung verkörpert. Dann gibt es Ren, einen ruhigen und nachdenklichen Jungen, der mit einer geheimnisvollen Eule verbunden ist, die ihm Weisheit und Einsicht schenkt. Schließlich ist da noch Hana, eine lebhafte und neugierige Jugendliche, deren Begleiter ein verspielter Fuchs ist, der ihre Neugier und ihren Mut widerspiegelt.

Im Laufe der Serie enthüllt sich, dass die Mitternachtstiere nicht nur Beschützer sind, sondern auch eine dunkle Seite haben. Einige von ihnen sind von negativen Emotionen und menschlichen Ängsten beeinflusst, was sie zu gefährlichen Gegnern macht. Die Gruppe muss lernen, ihre eigenen inneren Konflikte zu überwinden, um die Balance zwischen der menschlichen Welt und der Welt der Mitternachtstiere zu bewahren. Dabei werden sie mit moralischen Dilemmata konfrontiert, die ihre Freundschaft und ihren Mut auf die Probe stellen.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Mischung aus episodischen Abenteuern und einem übergeordneten Plot, der die wahre Natur der Mitternachtstiere und ihre Verbindung zur menschlichen Seele erforscht. Die Serie kombiniert Elemente des Übernatürlichen, der Fantasy und des Coming-of-Age-Genres, wobei die Charakterentwicklung und die Beziehungen zwischen den Protagonisten im Mittelpunkt stehen.