"Konketsu no Karekore" erzählt die Geschichte von Kaito, einem jungen Mann, der in einer Welt lebt, in der Menschen mit übernatürlichen Fähigkeiten, sogenannte "Konketsu", existieren. Diese Konketsu sind Nachkommen von Verbindungen zwischen Menschen und mystischen Wesen und besitzen einzigartige Kräfte, die sie von gewöhnlichen Menschen unterscheiden. Kaito selbst ist ein Konketsu, der jedoch seine Fähigkeiten lange Zeit verborgen hat, um ein normales Leben zu führen. Seine Vergangenheit holt ihn jedoch ein, als er auf eine Gruppe von Konketsu trifft, die von einer mysteriösen Organisation gejagt werden, die ihre Kräfte für dunkle Zwecke nutzen will.

Die Handlung entfaltet sich, als Kaito auf die junge Konketsu Rina trifft, die auf der Flucht vor der Organisation ist. Rina besitzt eine seltene und mächtige Fähigkeit, die sie zu einem begehrten Ziel macht. Kaito beschließt, sie zu beschützen, und schließt sich ihr an, während sie versuchen, die Pläne der Organisation zu durchkreuzen. Auf ihrer Reise treffen sie auf weitere Konketsu, die sich ihrer Gruppe anschließen, darunter den stoischen Sora, der über überragende Kampffähigkeiten verfügt, und die lebhafte Yuki, die die Fähigkeit besitzt, die Gedanken anderer zu lesen.

Die Gruppe wird in eine Reihe von Konflikten verwickelt, bei denen sie nicht nur gegen die Organisation kämpfen, sondern auch ihre eigenen Fähigkeiten und ihre Identität als Konketsu hinterfragen müssen. Die Handlung erforscht Themen wie Zugehörigkeit, Identität und den Kampf zwischen Gut und Böse, während die Charaktere mit ihren inneren Dämonen und den Herausforderungen ihrer übernatürlichen Herkunft konfrontiert werden. Die Beziehungen zwischen den Charakteren entwickeln sich im Laufe der Geschichte, wobei Vertrauen und Zusammenarbeit im Mittelpunkt stehen, um die Bedrohung durch die Organisation zu überwinden.

Die Organisation, angeführt von dem rätselhaften und mächtigen Anführer Kuro, verfolgt das Ziel, die Kräfte der Konketsu zu kontrollieren und für ihre eigenen Zwecke zu nutzen. Ihre Methoden sind skrupellos, und sie scheuen nicht davor zurück, Gewalt einzusetzen, um ihre Ziele zu erreichen. Die Konfrontationen zwischen der Gruppe und der Organisation führen zu intensiven Kämpfen, bei denen die Fähigkeiten der Konketsu auf die Probe gestellt werden.

Im Laufe der Geschichte werden die Hintergründe der Charaktere und ihre Verbindungen zur Organisation nach und nach enthüllt, was zu überraschenden Wendungen und emotionalen Momenten führt. Die Handlung gipfelt in einem finalen Konflikt, bei dem die Gruppe alles riskiert, um die Pläne der Organisation zu vereiteln und ihre eigene Freiheit zu sichern.