"Wonderism: Kimi o Yobu Koe" erzählt die Geschichte von Aoi Hoshino, einem introvertierten Schüler, der in einer kleinen Stadt lebt und sich oft in seiner eigenen Welt verliert. Aoi hat eine besondere Fähigkeit: Er kann die Stimmen von Dingen und Orten hören, die für andere unhörbar sind. Diese Fähigkeit, die er als "Wonderism" bezeichnet, führt ihn in eine Reihe von mysteriösen und emotionalen Ereignissen, die sein Leben und das seiner Mitmenschen verändern.

Die Handlung beginnt, als Aoi eines Tages die Stimme eines verlassenen Schreins hört, der um Hilfe ruft. Dieser Schrein ist mit einer alten Legende verbunden, die besagt, dass er die Wünsche derjenigen erfüllen kann, die seine Stimme hören. Aoi beschließt, dem Schrein zu helfen, und stößt dabei auf eine Gruppe von Gleichaltrigen, die ebenfalls über besondere Fähigkeiten verfügen. Unter ihnen ist Yuki, ein Mädchen, das die Emotionen anderer Menschen spüren kann, und Riku, ein Junge, der die Vergangenheit von Gegenständen sehen kann.

Gemeinsam versuchen sie, die Geheimnisse des Schreins zu lüften und die Wünsche der Menschen zu erfüllen, die sich an ihn wenden. Dabei stoßen sie auf verschiedene Herausforderungen, darunter die Konfrontation mit ihren eigenen Ängsten und Unsicherheiten. Die Geschichte entwickelt sich zu einer Reise der Selbstfindung und des Wachstums, bei der die Charaktere lernen, ihre Fähigkeiten zu akzeptieren und zu nutzen, um anderen zu helfen.

Im Laufe der Serie werden die Hintergründe der Charaktere und die Ursprünge ihrer Fähigkeiten näher beleuchtet. Es wird deutlich, dass ihre Fähigkeiten sowohl ein Segen als auch eine Bürde sind, da sie sie oft von der Außenwelt isolieren. Die Beziehungen zwischen den Charakteren vertiefen sich, und sie lernen, sich gegenseitig zu unterstützen und zu verstehen.

Die Handlung ist geprägt von einer Mischung aus mystischen Elementen, emotionalen Momenten und einer Prise Humor. Die Serie behandelt Themen wie Freundschaft, Akzeptanz und die Bedeutung von Kommunikation. Durch die verschiedenen Episoden, die jeweils einen eigenen Wunsch oder ein Rätsel behandeln, wird die Welt des "Wonderism" immer weiter erkundet, bis sich die Charaktere schließlich einem größeren Geheimnis stellen müssen, das ihre Fähigkeiten und ihre Verbindung zum Schrein betrifft.