"Invasion of the Ball Busters" (OVA) handelt von einer Gruppe von Highschool-Schülerinnen, die sich in einer dystopischen Zukunft wiederfinden, in der die Welt von einer mysteriösen Bedrohung heimgesucht wird. Die Handlung beginnt in einer scheinbar normalen Schule, wo die Protagonistinnen – darunter die entschlossene Anführerin Aya, die technisch begabte Rina und die schüchterne, aber strategisch denkende Yumi – plötzlich mit einer Invasion außerirdischer Roboter konfrontiert werden. Diese Roboter, bekannt als "Ball Busters", sind darauf programmiert, die Erde zu erobern und die menschliche Zivilisation zu zerstören.

Die Schülerinnen entdecken, dass sie durch eine Reihe von Zufällen über spezielle Fähigkeiten verfügen, die es ihnen ermöglichen, die Ball Busters zu bekämpfen. Aya entwickelt übernatürliche Reflexe und Stärke, Rina kann technische Geräte manipulieren, und Yumi erlangt die Fähigkeit, die Bewegungen ihrer Gegner vorherzusagen. Zusammen bilden sie ein Team, das sich der Bedrohung entgegenstellt. Im Laufe der OVA reisen sie durch verschiedene zerstörte Städte und treffen auf Überlebende, die ihnen helfen, mehr über die Herkunft und die Schwachstellen der Ball Busters zu erfahren.

Die Handlung vertieft sich in die Hintergründe der Invasion, als die Gruppe auf einen Wissenschaftler trifft, der enthüllt, dass die Ball Busters von einer außerirdischen Rasse geschaffen wurden, um Ressourcen für deren untergehende Heimatwelt zu sammeln. Die Schülerinnen müssen nicht nur gegen die Roboter kämpfen, sondern auch gegen die moralischen Dilemmata, die sich aus der möglichen Zerstörung einer anderen Zivilisation ergeben. Die OVA endet mit einem offenen Finale, das Raum für Interpretationen lässt, während die Protagonistinnen weiterhin um das Überleben der Menschheit kämpfen.