"Nineko Gelée" erzählt die Geschichte einer jungen Katzenmensch-Dame namens Nineko, die in einer fantastischen Welt lebt, in der magische Wesen und Menschen nebeneinander existieren. Nineko besitzt die seltene Fähigkeit, durch ihre Tränen magische Kristalle zu erschaffen, die sowohl heilende als auch zerstörerische Kräfte besitzen. Diese Fähigkeit macht sie zur Zielscheibe mächtiger Organisationen, die ihre Macht für ihre eigenen Zwecke nutzen wollen.

Die Handlung beginnt in einem kleinen Dorf, in dem Nineko ein friedliches Leben führt, bis eines Tages eine Gruppe von Söldnern auftaucht, um sie zu entführen. Dabei wird ihr Dorf zerstört, und sie verliert ihre Familie. Auf der Flucht trifft sie auf einen geheimnisvollen Wanderer namens Kael, der sich als ehemaliger Ritter entpuppt und sich bereit erklärt, sie zu beschützen. Gemeinsam machen sie sich auf eine Reise, um Ninekos wahre Bestimmung zu ergründen und diejenigen zu bekämpfen, die ihre Kräfte missbrauchen wollen.

Während ihrer Reise stoßen sie auf verschiedene Verbündete, darunter Lyra, eine rebellische Magierin, und Ryn, einen mechanisch begabten Jungen, der sich als Schlüssel zur Lösung eines alten Rätsels erweist. Die Gruppe wird immer wieder von Feinden verfolgt, darunter der skrupellose Anführer einer dunklen Organisation, der Ninekos Kräfte nutzen will, um eine uralte, zerstörerische Macht zu erwecken.

Im Laufe der Geschichte enthüllt sich, dass Ninekos Fähigkeiten mit einem alten Prophezeiung verbunden sind, die den Untergang oder die Rettung der Welt vorhersagt. Sie muss sich nicht nur mit äußeren Bedrohungen auseinandersetzen, sondern auch mit ihren eigenen inneren Konflikten, da sie sich fragt, ob ihre Existenz mehr Fluch als Segen ist. Die Handlung ist geprägt von intensiven Kämpfen, emotionalen Momenten und überraschenden Wendungen, die die Charaktere immer wieder vor neue Herausforderungen stellen.

Die Beziehungen zwischen den Hauptfiguren entwickeln sich im Laufe der Serie, wobei Vertrauen, Verrat und Opferbereitschaft zentrale Themen sind. Ninekos Reise ist nicht nur eine physische, sondern auch eine spirituelle, in der sie lernt, ihre Kräfte zu akzeptieren und für das Gute einzusetzen. Die Serie endet mit einem dramatischen Finale, das die Schicksale aller Charaktere auf unerwartete Weise miteinander verknüpft.