"Hitorigurashi no Shōgakusei" erzählt die Geschichte eines jungen Mädchens namens Rin, das nach dem Tod ihrer Eltern gezwungen ist, allein in ihrem Haushalt zu leben. Obwohl sie erst in der Grundschule ist, zeigt Rin eine bemerkenswerte Selbstständigkeit und bewältigt den Alltag ohne die Hilfe von Erwachsenen. Sie kocht, putzt und erledigt ihre Schularbeiten, während sie gleichzeitig versucht, ihre Gefühle von Verlust und Einsamkeit zu verarbeiten. Ihre Situation bleibt den meisten Menschen in ihrem Umfeld verborgen, da sie ihre Unabhängigkeit und ihren Stolz bewahren möchte.

Rins Leben ändert sich, als sie auf einen obdachlosen Mann trifft, der sich in der Nähe ihres Hauses aufhält. Obwohl sie anfangs misstrauisch ist, entwickelt sich langsam eine unerwartete Freundschaft zwischen den beiden. Der Mann, der selbst mit seinen eigenen Problemen kämpft, wird zu einer Art Mentor und Unterstützer für Rin. Durch ihre Interaktionen lernt Rin, dass es in Ordnung ist, Hilfe anzunehmen und dass Einsamkeit nicht zwangsläufig bedeutet, allein zu sein.

Die Handlung konzentriert sich auf die alltäglichen Herausforderungen, denen Rin gegenübersteht, sowie auf die emotionalen Momente, die ihre Beziehung zu dem obdachlosen Mann prägen. Die Serie zeigt einfühlsam, wie Rin trotz ihrer schwierigen Umstände versucht, ein normales Leben zu führen, und wie sie durch kleine Gesten der Freundschaft und Unterstützung allmählich Trost findet. Die Charaktere sind realistisch und vielschichtig dargestellt, wobei die Geschichte sowohl die Stärke als auch die Verletzlichkeit eines Kindes in einer außergewöhnlichen Situation einfängt.