"Naniiro no Nani" erzählt die Geschichte einer Gruppe von Jugendlichen, die in einer scheinbar gewöhnlichen Stadt leben, jedoch in eine Reihe mysteriöser Ereignisse verwickelt werden. Die Handlung beginnt mit der Ankunft eines neuen Schülers, Haruto, der sich in die Klasse der Protagonistin, Aoi, einschreibt. Aoi, eine zurückhaltende und introvertierte Schülerin, wird von Harutos rätselhaftem Verhalten und seiner Fähigkeit, seltsame Phänomene zu bemerken, die anderen verborgen bleiben, neugierig gemacht.

Im Laufe der Serie wird deutlich, dass die Stadt von unsichtbaren Wesenheiten bewohnt wird, die nur Haruto wahrnehmen kann. Diese Wesen, bekannt als "Nani", sind eng mit den Emotionen und Erinnerungen der Bewohner verbunden. Haruto enthüllt, dass er die Fähigkeit besitzt, mit den Nani zu interagieren und ihre Einflüsse auf die Menschen zu beeinflussen. Aoi, die zunächst skeptisch ist, wird bald in Harutos Mission hineingezogen, als sie bemerkt, dass ihre eigenen Erinnerungen und Emotionen von den Nani manipuliert werden könnten.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Episoden, in denen Haruto und Aoi verschiedene Bewohner der Stadt treffen, deren Leben von den Nani beeinflusst wird. Jede Begegnung offenbart tieferliegende Konflikte und ungelöste emotionale Probleme der Charaktere, die durch die Präsenz der Nani verstärkt werden. Haruto nutzt seine Fähigkeiten, um den Betroffenen zu helfen, während Aoi allmählich lernt, ihre eigenen Ängste und Unsicherheiten zu überwinden.

Ein zentraler Konflikt entsteht, als ein mächtiger Nani auftaucht, der die Fähigkeit besitzt, die Realität selbst zu verändern. Dieser Nani, bekannt als "Kuro", wird von einer tragischen Vergangenheit angetrieben und stellt eine direkte Bedrohung für die Stadt dar. Haruto und Aoi müssen ihre Kräfte bündeln, um Kuro zu stoppen, während sie gleichzeitig die wahren Absichten der Nani und ihre Verbindung zur menschlichen Psyche aufdecken.

Die Charaktere sind vielschichtig und entwickeln sich im Laufe der Serie weiter. Haruto bleibt ein rätselhafter, aber entschlossener Protagonist, dessen Vergangenheit im Zusammenhang mit den Nani langsam enthüllt wird. Aoi wächst von einer unsicheren Schülerin zu einer selbstbewussten Mitstreiterin heran, die ihre eigene Rolle in der Konfrontation mit den Nani akzeptiert. Nebenfiguren, wie der humorvolle Klassenkamerad Riku und die mysteriöse Lehrerin Ms. Fujimoto, tragen zur Handlung bei und bieten zusätzliche Perspektiven auf die Ereignisse.

Die Handlung von "Naniiro no Nani" verbindet Elemente des Übernatürlichen mit tiefgreifenden psychologischen Themen, wobei die Beziehung zwischen Emotionen, Erinnerungen und äußeren Einflüssen im Mittelpunkt steht. Die Serie erkundet, wie unsichtbare Kräfte das menschliche Verhalten prägen können, und bietet gleichzeitig eine spannende und emotionale Erzählung über Freundschaft, Selbstfindung und die Überwindung innerer Konflikte.