"Ark IX" (OVA) spielt in einer dystopischen Zukunft, in der die Menschheit nach einer globalen Katastrophe ums Überleben kämpft. Die Handlung konzentriert sich auf eine Gruppe von Überlebenden, die in einer unterirdischen Stadt namens "Ark IX" leben. Diese Stadt wurde als letzte Zuflucht errichtet, um die verbliebenen Menschen vor den gefährlichen Bedingungen an der Oberfläche zu schützen. Die Gesellschaft in Ark IX ist streng hierarchisch organisiert, mit einer herrschenden Elite, die über begrenzte Ressourcen und Technologien verfügt.

Die Protagonisten sind eine Gruppe junger Rebellen, die gegen das unterdrückerische Regime der Stadt kämpfen. Angeführt von Kael, einem charismatischen und strategisch denkenden Anführer, versuchen sie, die Wahrheit über die Ursprünge der Katastrophe und die wahren Absichten der Elite aufzudecken. Unterstützt wird Kael von Lyra, einer technisch begabten Frau, die Zugang zu verbotenen Informationen hat, und Ryn, einem ehemaligen Soldaten, der sich den Rebellen angeschlossen hat, nachdem er die Korruption innerhalb des Systems erkannt hat.

Die Handlung entfaltet sich, als die Gruppe auf eine mysteriöse Entität stößt, die außerhalb der Stadt existiert und möglicherweise der Schlüssel zur Rettung der Menschheit ist. Diese Entität, bekannt als "Der Wächter", scheint über fortgeschrittene Technologien und Kenntnisse zu verfügen, die die Machtverhältnisse in Ark IX grundlegend verändern könnten. Die Rebellen müssen sich nicht nur gegen die Elite der Stadt behaupten, sondern auch gegen interne Konflikte und moralische Dilemmata, die ihre Mission erschweren.

Im Verlauf der OVA wird die komplexe Beziehung zwischen den Charakteren und ihre individuellen Motivationen näher beleuchtet. Gleichzeitig werden die politischen und sozialen Strukturen von Ark IX detailliert dargestellt, wobei die Handlung Fragen nach Macht, Kontrolle und dem Preis der Freiheit aufwirft. Die OVA endet mit einem offenen Finale, das Raum für Spekulationen und Interpretationen lässt, während gleichzeitig die Spannung für mögliche Fortsetzungen aufrechterhalten wird.