Die dritte Staffel von "Bottom Biting Bug" setzt die Geschichte der Protagonisten in einer Welt fort, in der mysteriöse Insektenwesen, sogenannte "Bottom Biting Bugs", die Menschheit bedrohen. Diese Kreaturen haben die Fähigkeit, sich in die Gedanken und Träume ihrer Opfer einzunisten und deren Verhalten zu manipulieren. Die Handlung konzentriert sich auf die Gruppe von Überlebenden, die sich zusammengeschlossen haben, um gegen die Bedrohung zu kämpfen und die Ursprünge der Bugs zu erforschen.

Im Zentrum der Handlung steht der junge Wissenschaftler Hiroshi, der weiterhin versucht, ein Gegenmittel zu entwickeln, um die von den Bugs infizierten Menschen zu heilen. Seine Forschung wird durch die Entdeckung eines neuen Stammes der Bugs erschwert, der resistent gegen bisherige Bekämpfungsmethoden ist. Gleichzeitig kämpft er mit den emotionalen Folgen seiner eigenen Infektion, die ihn immer wieder in gefährliche Situationen bringt.

Die Gruppe um Hiroshi besteht aus der toughen Kämpferin Aya, die ihre eigenen traumatischen Erlebnisse mit den Bugs verarbeitet, und dem ehemaligen Soldaten Ren, der strategisches Wissen und militärische Fähigkeiten einbringt. Ein neuer Charakter, die mysteriöse Hackerin Sora, schließt sich der Gruppe an und spielt eine Schlüsselrolle bei der Aufdeckung von Regierungsgeheimnissen, die mit den Bugs in Verbindung stehen.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Missionen, bei denen die Gruppe sowohl gegen die Bugs als auch gegen korrupte Regierungsbeamte kämpft, die versuchen, die Krise für ihre eigenen Zwecke zu nutzen. Dabei werden immer mehr Details über die Herkunft der Bugs enthüllt, einschließlich der Möglichkeit, dass sie von Menschenhand geschaffen wurden. Die Staffel endet mit einem dramatischen Cliffhanger, als die Gruppe auf eine überraschende Verbindung zwischen den Bugs und einem ihrer eigenen Mitglieder stößt, was die bisherigen Annahmen über die Bedrohung grundlegend in Frage stellt.