"Prayers" ist eine Anime-Serie, die in einer dystopischen Zukunft spielt, in der die Menschheit durch eine mysteriöse Katastrophe an den Rand des Aussterbens gebracht wurde. Die Handlung konzentriert sich auf eine Gruppe von Überlebenden, die in einer postapokalyptischen Welt ums Überleben kämpfen. Die Protagonisten sind in einer Gesellschaft gefangen, die von strengen religiösen Regeln und einer hierarchischen Ordnung beherrscht wird, die von einer mächtigen Organisation namens "The Order" kontrolliert wird.

Die Hauptfigur, ein junger Mann namens Kael, ist ein ehemaliger Soldat, der sich gegen das System auflehnt, nachdem er die wahren Absichten von "The Order" entdeckt. Kael schließt sich einer Widerstandsgruppe an, die gegen die Unterdrückung kämpft und versucht, die Wahrheit über die Katastrophe und die Rolle der Organisation aufzudecken. Dabei trifft er auf verschiedene Charaktere, darunter Lyra, eine mysteriöse Frau mit übernatürlichen Fähigkeiten, und Ryn, einen ehemaligen Wissenschaftler, der die Technologie der alten Welt versteht.

Die Serie erforscht Themen wie Glaube, Machtmissbrauch und die menschliche Natur, während die Charaktere durch gefährliche Gebiete reisen, um Verbündete zu finden und die Geheimnisse der Vergangenheit zu lüften. Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Konflikten, sowohl zwischen den Charakteren als auch mit den Kräften von "The Order", die versuchen, ihre Kontrolle über die Überlebenden aufrechtzuerhalten. Die Serie endet mit einem offenen Finale, das Raum für Spekulationen und mögliche Fortsetzungen lässt.