"Everlasting Heart" erzählt die Geschichte von Kaito, einem jungen Mann, der in einer Welt lebt, in der Emotionen durch mysteriöse Kristalle, sogenannte "Herzsteine", materialisiert werden können. Diese Kristalle sind in der Lage, die tiefsten Gefühle eines Menschen zu speichern und zu manifestieren, was sie zu begehrten Objekten macht. Kaito, der selbst einen solchen Kristall besitzt, wird ungewollt in einen Konflikt zwischen verschiedenen Fraktionen hineingezogen, die die Macht der Herzsteine für ihre eigenen Ziele nutzen wollen.

Die Handlung beginnt, als Kaito auf eine geheimnisvolle junge Frau namens Lina trifft, die scheinbar keine eigenen Emotionen besitzt und auf der Suche nach ihrem verlorenen Herzstein ist. Zusammen beschließen sie, sich auf eine Reise zu begeben, um Lina zu helfen, ihren Kristall wiederzufinden. Dabei stoßen sie auf eine Organisation namens "Eclipsis", die die Herzsteine sammelt, um eine mächtige Waffe zu erschaffen, die die Welt verändern könnte. Gleichzeitig gibt es eine Widerstandsgruppe, die versucht, die Pläne von Eclipsis zu vereiteln und die Herzsteine zu schützen.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass die Herzsteine nicht nur Emotionen speichern, sondern auch Erinnerungen und sogar Teile der Seele ihrer Besitzer. Kaito und Lina müssen sich nicht nur mit äußeren Feinden auseinandersetzen, sondern auch mit ihren eigenen inneren Konflikten und den Geheimnissen, die ihre Vergangenheit umgeben. Kaito erfährt, dass sein Herzstein eine besondere Verbindung zu einem alten Ereignis hat, das die Welt fast zerstört hätte, während Lina entdeckt, dass ihre scheinbare Emotionslosigkeit mit einem tragischen Ereignis in ihrer Kindheit zusammenhängt.

Die Charaktere werden durch ihre Interaktionen und die Herausforderungen, denen sie sich stellen, weiterentwickelt. Kaito lernt, mit seiner eigenen emotionalen Verletzlichkeit umzugehen, während Lina langsam beginnt, ihre Gefühle wiederzuentdecken. Unterstützt werden sie von einer Reihe von Nebenfiguren, darunter der charismatische Rebell Ryu, der technisch begabte Jun und die rätselhafte Seherin Aya, die alle ihre eigenen Motive und Hintergründe haben.

Die Handlung ist geprägt von einer Mischung aus Action, Drama und mystischen Elementen, wobei die Beziehung zwischen Kaito und Lina im Mittelpunkt steht. Ihre Reise führt sie durch verschiedene Orte, von dichten Wäldern bis hin zu futuristischen Städten, und sie müssen sich immer wieder neuen Herausforderungen stellen, die ihre Entschlossenheit und ihren Zusammenhalt auf die Probe stellen. Am Ende steht die Frage, ob sie in der Lage sein werden, die Pläne von Eclipsis zu vereiteln und gleichzeitig ihre eigenen inneren Konflikte zu lösen.