"Chocolate Underground" ist eine Anime-Adaption des Romans "Bootleg" von Alex Shearer und spielt in einer dystopischen Gesellschaft, in der Schokolade und andere Süßigkeiten durch die Regierung verboten wurden. Die Handlung dreht sich um zwei Jugendliche, Smudger und Huntley, die in einer Welt leben, in der die "Good for You"-Partei die Kontrolle übernommen hat und alle Genussmittel als ungesund und schädlich für die Gesellschaft deklariert. Die Regierung überwacht streng die Einhaltung dieses Verbots, und die Bevölkerung wird dazu gezwungen, sich an eine strenge, gesunde Ernährung zu halten.

Smudger und Huntley, die beide leidenschaftliche Schokoladenliebhaber sind, können sich mit dieser Unterdrückung nicht abfinden. Sie beschließen, gegen das System zu rebellieren, indem sie eine geheime Untergrundbewegung gründen, die "Chocolate Underground". Diese Gruppe produziert und verteilt illegal Schokolade an Gleichgesinnte, die sich nach dem verbotenen Genussmittel sehnen. Die beiden Freunde nutzen ihre Kreativität und ihren Mut, um die Schokolade herzustellen und zu verbreiten, während sie gleichzeitig versuchen, der Regierung und ihren strengen Kontrollen zu entkommen.

Im Laufe der Geschichte werden die Protagonisten mit verschiedenen Herausforderungen konfrontiert, darunter die ständige Bedrohung durch die Behörden, die ihre Aktivitäten aufdecken wollen. Die Handlung zeigt, wie Smudger und Huntley ihre Bewegung ausbauen und dabei sowohl Unterstützer als auch Feinde gewinnen. Die Geschichte thematisiert Themen wie Widerstand gegen Autorität, die Bedeutung von Freiheit und die Macht der Gemeinschaft im Kampf gegen Unterdrückung.

Die Charaktere sind geprägt von ihrer Entschlossenheit und ihrem Wunsch nach Freiheit. Smudger ist der impulsive und mutige Anführer, während Huntley eher vorsichtig und strategisch denkt. Zusammen bilden sie ein ausgewogenes Team, das trotz der Gefahren weiterkämpft. Die Handlung bleibt eng auf ihre Bemühungen fokussiert, das Schokoladenverbot zu untergraben und die Gesellschaft zu verändern, ohne dabei in übermäßige Komplexität oder Nebenhandlungen abzuschweifen.