"M.E.M. - Yogosareta Junketsu" ist eine OVA, die in einer dystopischen Zukunft spielt, in der die Gesellschaft von einer strengen Hierarchie und Kontrolle geprägt ist. Die Handlung dreht sich um eine Gruppe von Jugendlichen, die in einer abgeschotteten Einrichtung leben, in der sie einer strengen Ausbildung unterzogen werden. Diese Einrichtung, bekannt als "M.E.M.", zielt darauf ab, die Jugendlichen zu perfekten Mitgliedern der Gesellschaft zu formen, indem sie ihre Emotionen und individuellen Persönlichkeiten unterdrückt.

Die Protagonistin der Geschichte ist ein Mädchen namens Aya, das sich von den anderen Bewohnern der Einrichtung durch ihre starke Willenskraft und ihren Widerstand gegen die vorgegebenen Regeln unterscheidet. Aya beginnt, die Strukturen der Einrichtung in Frage zu stellen, und stößt dabei auf Geheimnisse, die die wahren Absichten der M.E.M.-Leitung offenbaren. Im Laufe der Handlung entwickelt sie eine enge Beziehung zu einem Jungen namens Rei, der ebenfalls gegen das System rebelliert, jedoch aus anderen Gründen. Rei ist von einer tiefen inneren Zerrissenheit geprägt, da er zwischen seiner Loyalität zur Einrichtung und seinem wachsenden Misstrauen gegenüber ihren Methoden schwankt.

Die Handlung nimmt eine dramatische Wendung, als Aya und Rei herausfinden, dass die M.E.M.-Einrichtung nicht nur darauf abzielt, die Jugendlichen zu kontrollieren, sondern auch Experimente an ihnen durchführt, um ihre Emotionen und Erinnerungen zu manipulieren. Diese Entdeckung führt zu einem Konflikt, in dem Aya und Rei sich entscheiden müssen, ob sie weiterhin Teil des Systems bleiben oder versuchen, auszubrechen und die Wahrheit zu enthüllen. Die OVA endet mit einem offenen Finale, das Raum für Interpretationen lässt, während gleichzeitig die moralischen und ethischen Fragen der Handlung im Vordergrund stehen.

Die Charaktere sind in ihrer Entwicklung eng mit den Themen der Geschichte verbunden, insbesondere mit den Konzepten von Freiheit, Identität und Widerstand gegen Unterdrückung. Aya verkörpert den Kampf gegen die Unterdrückung der Individualität, während Rei die innere Zerrissenheit zwischen Anpassung und Rebellion darstellt. Die Nebencharaktere, darunter andere Bewohner der Einrichtung und die autoritären Figuren der Leitung, dienen dazu, die verschiedenen Facetten des Systems und seine Auswirkungen auf die Jugendlichen zu verdeutlichen.