"Shikkaku Ishi" (OVA) handelt von einem dystopischen Zukunftsszenario, in dem die Gesellschaft von einer strengen Hierarchie und einem rigiden Klassensystem beherrscht wird. Die Geschichte spielt in einer Welt, in der Menschen aufgrund ihrer genetischen Eigenschaften und Fähigkeiten in verschiedene Kategorien eingeteilt werden. Diejenigen, die als "unbrauchbar" oder "minderwertig" gelten, werden als "Shikkaku" (Entwürdigte) bezeichnet und an den Rand der Gesellschaft gedrängt.

Der Protagonist ist ein junger Mann namens Akira, der als Shikkaku geboren wurde und daher von der Gesellschaft verachtet wird. Trotz seiner niedrigen Stellung besitzt er außergewöhnliche Fähigkeiten im Bereich der Medizin, insbesondere in der Chirurgie. Akira arbeitet im Verborgenen als Arzt und rettet Leben, obwohl seine Tätigkeit illegal ist, da Shikkaku offiziell keine medizinischen Berufe ausüben dürfen. Seine Fähigkeiten ziehen die Aufmerksamkeit von mächtigen Organisationen auf sich, die ihn für ihre eigenen Zwecke nutzen wollen.

Die Handlung nimmt eine dramatische Wendung, als Akira in einen Konflikt zwischen den herrschenden Eliten und einer Untergrundbewegung gerät, die gegen das ungerechte System kämpft. Dabei wird er mit moralischen Dilemmata konfrontiert, da er sowohl die Möglichkeit hat, das System zu stürzen, als auch die Gefahr läuft, selbst zum Werkzeug der Unterdrückung zu werden. Die Geschichte untersucht Themen wie soziale Ungerechtigkeit, Ethik und die Macht des Individuums, in einer korrupten Welt Veränderungen herbeizuführen.

Die OVA konzentriert sich auf die Entwicklung von Akira als Charakter, der zwischen seiner Pflicht als Arzt und seinem Wunsch nach Gerechtigkeit hin- und hergerissen ist. Neben Akira spielen auch andere Figuren eine wichtige Rolle, darunter Mitglieder der Untergrundbewegung, korrupte Regierungsvertreter und Patienten, deren Schicksal Akira beeinflusst. Die Handlung ist dicht und voller Spannung, mit einer Mischung aus politischen Intrigen, emotionalen Konflikten und actionreichen Szenen.