"Shōjo Senki Brain Jacker" (OVA) spielt in einer dystopischen Zukunft, in der Technologie und menschliche Gehirne miteinander verschmolzen sind. Die Handlung dreht sich um eine Gruppe von Jugendlichen, die in einer von Konzernen dominierten Gesellschaft leben. Diese Konzerne nutzen fortschrittliche Technologie, um die Gedanken und Erinnerungen von Menschen zu manipulieren, oft zu militärischen oder kommerziellen Zwecken. Die Protagonistin, ein junges Mädchen namens Aya, entdeckt, dass sie über die Fähigkeit verfügt, in die Gehirne anderer einzudringen und deren Gedanken zu kontrollieren. Diese Fähigkeit, bekannt als "Brain Jacking", macht sie zur Zielscheibe mächtiger Organisationen.

Aya schließt sich einer Widerstandsgruppe an, die gegen die Unterdrückung durch die Konzerne kämpft. Die Gruppe besteht aus weiteren Jugendlichen, die ebenfalls über spezielle Fähigkeiten verfügen, darunter Hacker, Kampfspezialisten und Technologieexperten. Gemeinsam versuchen sie, die Kontrolle der Konzerne über die Gesellschaft zu brechen und die Wahrheit über die Manipulation der menschlichen Gedanken aufzudecken. Dabei geraten sie in gefährliche Situationen, in denen sie nicht nur gegen die Konzerne, sondern auch gegen ihre eigenen Ängste und moralischen Dilemmata kämpfen müssen.

Die Handlung ist geprägt von intensiven Actionsequenzen, psychologischen Konflikten und einer düsteren Atmosphäre, die die Bedrohung durch die allgegenwärtige Überwachung und Kontrolle verdeutlicht. Die Charaktere entwickeln sich im Laufe der Geschichte weiter, wobei ihre Beziehungen zueinander und ihre individuellen Motivationen im Mittelpunkt stehen. Die OVA behandelt Themen wie Identität, Freiheit und die ethischen Implikationen von Technologie, die das menschliche Bewusstsein beeinflusst.