Die OVA "Black Rock Shooter" erzählt eine Geschichte, die auf zwei parallelen Ebenen spielt: der realen Welt und einer surrealen, düsteren Traumwelt. In der realen Welt geht es um die Freundschaft zwischen zwei Mädchen, Mato Kuroi und Yomi Takanashi. Mato, eine energiegeladene und offenherzige Schülerin, freundet sich mit Yomi an, die ruhig und zurückhaltend wirkt. Die beiden verbringen viel Zeit miteinander und entwickeln eine enge Bindung. Doch als Yomi plötzlich verschwindet und nicht mehr zur Schule kommt, beginnt Mato, sich Sorgen zu machen und nach Antworten zu suchen.

Parallel dazu spielt sich in einer anderen, dystopischen Welt ein Kampf zwischen mysteriösen Figuren ab, die den Protagonistinnen der realen Welt ähneln. In dieser Welt kämpft die titelgebende Figur, Black Rock Shooter, eine einsame Kriegerin mit einem riesigen Kanonenarm, gegen andere Wesen wie Dead Master, eine dunkle, scythetragende Gestalt, die Yomi repräsentiert. Die Kämpfe in dieser surrealen Welt spiegeln die emotionalen Konflikte und inneren Kämpfe der Charaktere in der realen Welt wider.

Als Mato versucht, Yomi wiederzufinden, wird deutlich, dass Yomi mit inneren Konflikten und Isolation zu kämpfen hat. Die Beziehung zwischen den beiden wird durch Missverständnisse und unausgesprochene Gefühle belastet. In der Traumwelt eskaliert der Konflikt zwischen Black Rock Shooter und Dead Master, während in der realen Welt Mato alles tut, um Yomi zurückzugewinnen und ihre Freundschaft zu retten.

Die OVA verbindet die beiden Welten durch symbolische Darstellungen und visuelle Metaphern, wobei die Handlung sowohl die äußeren als auch die inneren Kämpfe der Charaktere beleuchtet. Die Geschichte endet mit einem emotionalen Höhepunkt, der die Verbindung zwischen den beiden Welten und die Bedeutung von Freundschaft und Verständnis unterstreicht.