"Submission Central" (OVA) spielt in einer dystopischen Zukunft, in der eine streng hierarchische Gesellschaft von einer allmächtigen Organisation kontrolliert wird. Die Handlung konzentriert sich auf eine Gruppe von Rebellen, die gegen das unterdrückerische Regime kämpfen. Die Protagonisten, darunter der charismatische Anführer Kaito und die technisch begabte Hackerin Yumi, versuchen, das System von innen heraus zu destabilisieren. Sie infiltrieren die sogenannte "Submission Central", eine hochgesicherte Einrichtung, in der die Organisation ihre Macht zentralisiert und Dissidenten gefangen hält.

Im Verlauf der Geschichte decken die Rebellen auf, dass die Organisation nicht nur politische Gegner unterdrückt, sondern auch geheime Experimente an Menschen durchführt, um deren Willen zu brechen und sie zu willenlosen Dienern zu machen. Kaito und Yumi müssen sich mit inneren Konflikten auseinandersetzen, da ihre Methoden und Ziele nicht immer übereinstimmen. Gleichzeitig werden sie von einem mysteriösen Agenten der Organisation verfolgt, der scheinbar über übernatürliche Fähigkeiten verfügt.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von strategischen Manövern und direkten Konfrontationen, bei denen die Rebellen sowohl Siege als auch schmerzhafte Verluste erleiden. Ein zentrales Element der Geschichte ist die Frage, wie weit man gehen darf, um Freiheit zu erkämpfen, und ob die Mittel den Zweck rechtfertigen. Die OVA endet mit einem offenen Finale, das Raum für Interpretationen lässt und die Zuschauer über die moralischen Implikationen des Kampfes gegen Unterdrückung nachdenken lässt.