Die OVA "Magical Maho" erzählt die Geschichte der jungen Protagonistin Maho, die in einer Welt lebt, in der Magie und Technologie nebeneinander existieren. Maho, ein unerfahrenes Mädchen mit einem verborgenen magischen Potenzial, wird eines Tages von einem mysteriösen Wesen namens Lumo angesprochen, das sie als Auserwählte identifiziert. Lumo erklärt, dass Maho die letzte Hoffnung sei, um eine drohende Katastrophe abzuwenden, die durch das Ungleichgewicht zwischen Magie und Technologie verursacht wird.

Maho begibt sich auf eine Reise, um ihre magischen Fähigkeiten zu entdecken und zu stärken. Dabei trifft sie auf verschiedene Charaktere, darunter den technikbegeisterten Erfinder Kaito und die geheimnisvolle Magierin Rin, die ihr helfen, ihre Mission zu erfüllen. Gemeinsam reisen sie durch unterschiedliche Regionen, die von magischen Kreaturen und fortschrittlichen Maschinen bevölkert sind, und stoßen auf Hindernisse, die sowohl ihre Fähigkeiten als auch ihren Zusammenhalt auf die Probe stellen.

Der zentrale Konflikt der Geschichte dreht sich um den bösen Magier Zoltar, der versucht, die magischen Quellen der Welt zu kontrollieren, um die Technologie vollständig zu unterdrücken und seine eigene Macht zu festigen. Maho und ihre Gefährten müssen Zoltars Pläne vereiteln, während sie gleichzeitig das Gleichgewicht zwischen Magie und Technologie wiederherstellen. Dabei wird Maho mit ihrer eigenen Vergangenheit konfrontiert, die eng mit den Ursprüngen der magischen Kräfte verbunden ist.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Mischung aus Action, emotionalen Momenten und mystischen Elementen, wobei die Charaktere durch ihre Interaktionen und Konflikte an Tiefe gewinnen. Die OVA endet mit einem offenen Finale, das Raum für weitere Entwicklungen lässt, während die unmittelbare Bedrohung durch Zoltar vorerst abgewendet wird.