Mu La Flaga ist eine zentrale Nebenfigur in den Ereignissen des ersten Allianz-PLANT-Krieges, wie in Mobile Suit Gundam SEED dargestellt. Er ist ein Natural, ein unveränderter Mensch, der als Leutnant in der 7. Raumflotte der Erdallianz dient und weithin als einer der wenigen Naturals gilt, die es mit Coordinatoren im Kampf aufnehmen können. Er erhielt den Spitznamen Falke von Endymion, nachdem er im Kampf um den Endymion-Krater auf dem Mond einen TS-MA2mod.00 Moebius Zero Mobile Armor steuerte und dabei eigenhändig fünf ZGMF-1017 GINNs abschoss. Diese Leistung begründete seinen Ruf als Ass-Pilot. Sein Hintergrund ist von einer tief gestörten Familiengeschichte geprägt. Er ist der Sohn von Al Da Flaga, einer mächtigen und rücksichtslosen Figur der Erdallianz, der Mu verachtete und ihn als verfluchtes Kind betrachtete. Stattdessen zog sein Vater einen Klon seiner selbst vor, der später zum maskierten ZAFT-Ass Rau Le Creuset wurde. Mu begegnete Rau einmal in seiner Kindheit und entwickelte später eine seltsame, intuitive Fähigkeit, zu spüren, wenn Rau in der Nähe ist. Diese Verbindung verleiht ihren Konfrontationen eine persönliche und emotionale Dimension. Was seine Persönlichkeit betrifft, ist Mu äußerlich unbeschwert, exzentrisch und oft heiter, macht witzige oder sarkastische Bemerkungen, die die Moral der Menschen um ihn herum heben. Er bringt ein Gefühl von Selbstvertrauen in die Besatzung des Kriegsschiffs Archangel, wo er Zuflucht sucht, nachdem sein ursprüngliches Mutterschiff während des ZAFT-Angriffs auf die neutrale Kolonie Heliopolis zerstört wird. Trotz seiner entspannten Art an Bord des Schiffs wird er im Kampf hochkonzentriert und taktisch und ist in der Lage, effektive Kampfstrategien zu entwickeln. Seine Hauptmotivation ist es, die Archangel und ihre Besatzung zu beschützen, und er kämpft tapfer, selbst wenn er verletzt ist. Er ist pragmatisch und beurteilt Menschen nach ihren Handlungen und nicht nach ihrem genetischen Status, was dazu führt, dass er den jungen Coordinator-Piloten Kira Yamato sofort akzeptiert und unterstützt, während andere vielleicht Vorurteile hegen. Mu fungiert als Mentor und große Bruderfigur für Kira, ermutigt ihn in schwierigen Momenten und hilft ihm, als Pilot zu wachsen. Er entwickelt auch eine enge und liebevolle Beziehung zur Kapitänin der Archangel, Murrue Ramius, die zu einem Eckpfeiler seines persönlichen Lebens wird und ihm inmitten des Chaos des Krieges ein Gefühl von Stabilität und Zielstrebigkeit gibt. Seine Rolle in der Geschichte entwickelt sich von einem einsamen Ass-Piloten der Erdallianz zu einem Schlüsselmitglied der Drei-Schiffe-Allianz, einer Koalition, die den Krieg beenden will. Neben seiner Geschicklichkeit mit der Moebius Zero und ihren drahtgeführten Geschützpods steuert er auch den FX-550 Skygrasper-Jet und später den GAT-X105 Strike Gundam, den Kira so umkonfiguriert, dass er von einem Natural bedient werden kann. Seine Flugfähigkeiten, sein taktisches Geschick und seine Bereitschaft, sich für seine Kameraden zu opfern, prägen seine Entwicklung von einem einsamen Kämpfer zu einem erfahrenen Veteranen, der an der Seite seiner langjährigen Verbündeten für den Frieden kämpft.