Nagamasa Makihara ist Professor an einer unbenannten Universität und widmet sich der Erforschung des Phänomens der Hand Shaker sowie der alternativen Dimension namens Ziggurat. Er ist ein erwachsener Mann von einunddreißig Jahren, mit braunen Haaren und braunen Augen, steht einhundertfünfundachtzig Zentimeter groß und wird normalerweise mit Brille und Anzug gesehen. Seine Persönlichkeit ist im Allgemeinen optimistisch und energisch, und er reagiert oft mit sichtbarer Begeisterung, wenn seine Forschung neue Ergebnisse liefert.

Vor den Hauptereignissen der Geschichte versetzte Makihara Koyori Akutagawa in einen medizinisch induzierten Schlaf. Er tat dies, um ihre Lebenskraft zu bewahren, bis ein kompatibler Partner gefunden werden konnte, da ihm bewusst war, dass sie als potenzielle Hand Shakerin sonst allmählich schwächer werden würde. Als Tazuna Takatsuki als Reaktion auf eine Reparaturanfrage an der Universität eintrifft, inszeniert Makihara das Treffen, das dazu führt, dass die beiden ein Paar von Hand Shakern werden. Nachdem ihre Bindung geschlossen ist, erklärt Makihara die grundlegenden Regeln eines Hand Shakers – dass sie sich an den Händen halten müssen, um Koyori am Leben zu erhalten, und dass sie nun dazu verpflichtet sind, in Ziggurat gegen andere Paare zu kämpfen, um die Chance zu haben, Gott gegenüberzutreten und einen Wunsch zu äußern. Er arrangiert auch, dass Koyori in Tazunas Zuhause bleibt, und erfindet eine Tarnungsgeschichte, dass sie eine Austauschschülerin sei.

Makihara dient als frühe Quelle der Erläuterung und logistischen Unterstützung für die Hauptprotagonisten. Er überwacht weiterhin Koyoris Gesundheit und bietet bei Bedarf Ratschläge an, obwohl er nicht direkt an Kämpfen teilnimmt. Später in der Geschichte wird enthüllt, dass Makihara selbst einmal ein Hand Shaker war, aber den Partner verlor, mit dem er sich an den Händen halten sollte. Dieser persönliche Verlust prägt seine Entschlossenheit, Koyori zu beschützen und die Natur der Hand-Shaker-Bindung zu verstehen. Über seine Rolle als Forscher und Betreuer hinaus verbindet Makiharas Vergangenheit ihn auch mit dem größeren Geheimnis um die Herkunft der Akutagawa-Zwillinge und den Ereignissen, die den Konflikt der Serie in Gang setzten. In der gegenwärtigen Zeitleiste führt er keinen Nimrod, sondern verlässt sich stattdessen auf sein wissenschaftliches Fachwissen und sein Netzwerk von Kontakten, um Tazuna und Koyori auf ihrer Reise zu unterstützen.