Masamune Tooya ist ein 24-jähriger Mann mit orangefarbenem Haar und mintgrünen Augen, der 1,86 Meter groß ist. Er ist ein Nachfahre der Wissenschaftler, die Aion erschufen, die künstliche Intelligenz, die im Zentrum der Welt von Norn9 steht, und stammt von derselben Insel wie Natsuhiko Azuma. Als Waise aufgewachsen, verbrachte er seine Kindheit in einem experimentellen Labor, wo er einer der wenigen Überlebenden von Tests war – eine Erfahrung, die ihm übernatürliche Fähigkeiten verlieh und seine vorsichtige, eigenständige Natur prägte. Aufgrund seiner Erziehung auf der Insel besitzt er Wissen über die Natur der Fähigkeiten der Esper, den wahren Zweck der Reise an Bord der Norn, die Identität der Welt und die Mechanismen des Zurücksetzens von Ereignissen – Informationen, die vielen anderen Charakteren von Anfang an fehlen.

Masamune ist der Kapitän der Black Sirius und einer der drei wählbaren Liebesinteressen für die Protagonistin Koharu. Er fungiert als der zuverlässigste Esper auf dem Schiff, als Stimme der Vernunft und natürlicher Anführer. Oft ist er dabei zu finden, Streitigkeiten zu schlichten und administrative Aufgaben zu erledigen, um die Harmonie unter den vielfältigen und manchmal dysfunktionalen Passagieren zu wahren. Trotz seiner Intelligenz und seines umfangreichen Wissens, das er durch eifriges Lesen erworben hat, ist er bemerkenswert ungeschickt mit seinen Händen und nicht besonders geschickt in praktischen Aufgaben. Er trägt gewohnheitsmäßig Handschuhe, die mit der Kontrolle seiner Kraft zusammenhängen. Seine Fähigkeit erlaubt es ihm, vergangene Ereignisse zu sehen, indem er einfach eine Person oder einen Gegenstand mit seiner rechten Hand berührt – ein Talent, das ihn unschätzbar macht, um die Geschichte und Geheimnisse rund um die Mission der Gruppe aufzudecken.

Masamunes Persönlichkeit ist geprägt von einem starken Verantwortungsbewusstsein, Reife und Beschützerinstinkt gegenüber anderen. Er übernimmt eine ältere Bruderrolle für die jüngeren Mitglieder des Schiffs, kümmert sich um sie und bietet Führung. Er wird oft als direkt und durchsetzungsfähig wahrgenommen, mit einer Tendenz zur Konfrontation, wenn er Kontrolle oder Sicherheit bedroht fühlt. Unter dieser Fassade kämpft er mit dem Trauma seiner Vergangenheit und versucht zunächst, emotionale Distanz zu anderen zu wahren, um seine Verletzlichkeit zu schützen. Im Laufe der Geschichte öffnet er sich allmählich, insbesondere durch seine sich vertiefende Bindung zu Koharu. Ihre Beziehung wird zu einem bedeutenden Nebenhandlungsstrang, während sie ihre Gefühle im Chaos und der Gefahr ihrer Missionen navigieren. Er entwickelt auch eine bedeutungsvolle Verbindung zu Mikoto und lernt, auf das Vertrauen der Menschen um ihn herum zu bauen.

Masamunes Entwicklung dreht sich darum, zu lernen, seine schmerzhafte Vergangenheit mit seinem Wunsch, die Menschen zu beschützen, die ihm wichtig sind, in Einklang zu bringen, sodass er sich von einer zurückhaltenden, einsamen Figur zu jemandem entwickelt, der Unterstützung annehmen und seine Emotionen freier ausdrücken kann.