Makoto Hyuga ist ein Oberleutnant bei NERV und einer der drei Hauptcomputertechniker, die im Hauptquartier der Organisation stationiert sind, neben Maya Ibuki und Shigeru Aoba. Er arbeitet in der Abteilung für taktische Einsätze und fungiert als Chefassistent von Captain Misato Katsuragi, der Leiterin dieser Abteilung. Während Engel-Angriffen arbeitet Hyuga an der Kommandokonsole, überwacht Kampfdaten und leitet wichtige Informationen an Misato weiter, die oft nahe bei ihm steht, manchmal eine Hand auf seine Schulter oder die Rückenlehne seines Stuhls legt, während sie Befehle erteilt.

Hyuga ist fleißig und hart arbeitend, zeigt jedoch gelegentlich einen leichtsinnigen Zug in seinen Bemühungen, Misato zu helfen. Er ist zudem bemerkenswert einfallsreich: In Situationen, die schnelles Denken erfordern, hat er einen Lautsprecherwagen gekapert, um das Hauptquartier vor einem herannahenden Engel zu warnen, und während einer Krise ein Flugzeug gesteuert, um eine Evangelion-Einheit zu transportieren. Außerhalb des Kampfes ist er so etwas wie ein Nerd, der in seinen Pausen Manga liest, aber dies beeinträchtigt nicht seine Professionalität im Dienst.

Persönlich hegt Hyuga eine stille, unausgesprochene romantische Anziehung zu Misato. Er handelt nie nach diesem Gefühl oder mischt sich in ihre persönlichen Beziehungen ein, und sie scheint sich dessen bewusst zu sein, ohne etwas dagegen zu haben. Seine Hingabe zu ihr ist tief genug, dass er ihr einmal, in einem Moment extremer Krise, sagte, dass es in Ordnung sei, solange er bei ihr sei. Diese einseitige Zuneigung ist ein subtiler, aber beständiger Faden in seiner Charakterisierung.

In der Geschichte von Evangelion: 1.0 You Are (Not) Alone erfüllt Hyuga dieselbe Funktion wie in der Originalserie. Er ist eine zuverlässige Hintergrundpräsenz auf der Brücke, bedient die MAGI-Computersysteme und unterstützt die Evangelion-Piloten während ihrer Kämpfe. Seine Rolle ist hauptsächlich unterstützend, indem er technisches Fachwissen bereitstellt und Misato bei ihren Führungsaufgaben hilft. Er durchläuft in diesem einzelnen Film keine bedeutende persönliche Entwicklung, aber seine etablierte Loyalität und Kompetenz bleiben offensichtlich. Zu seinen bemerkenswerten Fähigkeiten gehören schnelle und genaue Datenverarbeitung, Multitasking unter Druck und die Bereitschaft, über seine Standardpflichten hinauszugehen, um seinem Vorgesetzten zu helfen, die Wahrheit hinter NERVs Geheimnissen aufzudecken, obwohl Letzteres in späteren Teilen ausführlicher behandelt wird.