Makoto Hyuga ist ein Oberleutnant und Computertechniker, der in Evangelion 3.0 You Can (Not) Redo als Mitglied der Organisation Wille auftritt. Vierzehn Jahre nach dem nahen Dritten Impact ist er körperlich gealtert, sein Haaransatz weicht zurück, und er dient nun auf der Brücke der AAA Wunder. Hyuga ist ein hochqualifizierter Techniker und fungiert als Chefassistent von Misato Katsuragi, der Kapitänin der Wunder. Er ist fleißig und einfallsreich und bietet oft taktische Unterstützung während Kämpfen. In der Originalserie war Hyuga für seine nerdigen Hobbys wie das Lesen von Manga bekannt und hegte eine stille Schwärmerei für Misato, obwohl dieser Aspekt in 3.0 nicht prominent dargestellt wird, da er sich auf seine Pflichten konzentriert. Seine Rolle in der Geschichte ist die eines Nebencharakters, der Misato und die Brückenbesatzung bei Operationen gegen NERV und dessen Evangelions unterstützt. Er pflegt eine professionelle Beziehung zu seinen Kollegen, darunter Shigeru Aoba, der ebenfalls auf der Wunder-Brücke dient. Hyugas Fähigkeiten umfassen Computeroperationen, taktische Analyse und die Koordination der Kommunikation während Kämpfen. Seine Entwicklung von der Originalserie zu den Rebuild-Filmen zeigt ihn als erfahrenere und reifere Person, was den Zeitablauf und den anhaltenden Konflikt widerspiegelt.