Madoka Kugimiya ist eine Schülerin der Klasse 2/3-A an der Mahora-Akademie und hat die Sitznummer elf. Sie wurde am 3. März 1989 geboren, hat die Blutgruppe AB und ist 160 Zentimeter groß, mit dunkelviolettem Haar und grünen Augen. Sie ist neben Misa Kakizaki und Sakurako Shiina eine der drei Cheerleader der Klasse und gilt als die ernsthafteste und besonnenste unter ihnen. Ihre Rolle in der Gruppe ist es, die anderen beiden vor Ärger zu bewahren, was ihr jedoch nicht immer gelingt. Sie mag Gyudon von Matsuya, silberne Accessoires und westliche Musik, wobei sie zeitweise ein besonderes Interesse an Avril Lavigne zeigte, und sie mag keine Aufreißer. Sie ist leicht verlegen wegen ihrer eigenen heiseren Stimme. Ihr Nachname ist häufig Ziel von neckischen Spitznamen ihrer Mitschüler, was sie nicht schätzt.

Madoka beschützt ihre Freunde, besonders Ako Izumi, die sie aktiv ermutigt, selbstbewusster zu werden. Während des Schulfestes entwickelt sie eine kleine Schwärmerei für die jugendliche Form von Kotaro, was jedoch nicht zu einer größeren Handlung führt. Sie nimmt am Mars-gegen-Magier-Ereignis teil, wo sie zu den ersten gehört, die von den Entkleidungsstrahlen der Roboter getroffen werden. Im Suka-Vorfall verwandelt sie sich in einen schwarzen Panther. Sie ist auch Mitglied der Band Finger Punch Rocket und spielt Gitarre. Ihre Motivationen drehen sich darum, Ordnung unter ihren Cheerleader-Freunden zu bewahren und die Menschen um sie herum zu unterstützen, insbesondere die schüchterne Ako. Im Laufe der Serie zeigt sie bescheidenes persönliches Wachstum in ihrer Bereitschaft, andere zu drängen, sich ihren Gefühlen zu stellen, wie zu sehen ist, als sie Ako unter Druck setzt, Nagi ihre Gefühle zu gestehen, obwohl ihr Plan nach hinten losgeht, als Ako ihn nur nach seiner E-Mail-Adresse fragt. Madoka besitzt keine magischen Fähigkeiten und bleibt während der gesamten Geschichte eine normale menschliche Schülerin. Ihre Rolle ist hauptsächlich die einer Nebenfigur, die für komische Erleichterung und eine bodenständige Präsenz unter den exzentrischeren Mitgliedern der Klasse sorgt.