Masato Yamanobe ist ein junger Mann, der im fernen Jahr 3404 lebt, einer Ära, in der die Erde stirbt und die Überreste der Menschheit in unterirdischen Stadtstaaten hausen, die von riesigen Computern regiert werden. Er trägt den Rang eines Raumkriegers der Klasse 2 in der Megalopolis Yamato, obwohl seine Aufgaben eher denen eines niederrangigen Polizisten ähneln. Sein Leben nimmt eine dramatische Wendung, als er Tamami Unterschlupf gewährt, einer Moopie – einem außerirdischen Wesen, das jede beliebige Gestalt annehmen kann –, die menschliche Form angenommen hat. Da es den Behörden verboten ist, ein solches Wesen zu verstecken, werden Masato und Tamami zu Flüchtlingen, verfolgt von seinem ehrgeizigen Vorgesetzten Rock.

Masato ist ein geradliniger, anständiger junger Mann, unschuldig, aber fehlbar. Er interessiert sich nicht für die großen Fragen des Lebens, der Politik oder der Macht; sein einziger Wunsch ist es, ruhig und friedlich mit Tamami zu leben. Dieser einfache Wunsch bringt ihn mitten in die letzten Kämpfe der menschlichen Zivilisation. Geführt vom mystischen Phönix, flieht das Paar über die karge Erdoberfläche und erreicht schließlich die isolierte Kuppel von Dr. Saruta, einem Wissenschaftler, der an künstlichem Leben und der Wiederbelebung ausgestorbener Kreaturen forscht. Währenddessen bricht in der unterirdischen Stadt ein letzter Krieg aus, der zum Aussterben der Menschheit führt.

Trotz seiner Abneigung wird Masato vom Phönix auserwählt, der letzte überlebende Mensch zu sein. Ihm wird die Aufgabe anvertraut, die Entwicklung neuen Lebens auf der Erde zu überwachen. Seine Auswahl erscheint willkürlich und sogar grausam: Er ist ein gewöhnlicher, etwas egoistischer junger Mann, der eine solche Bürde nie gesucht hat, im Gegensatz zum ehrgeizigen Rock oder dem weisen, leidenden Dr. Saruta. Doch seine angeborene Anständigkeit und seine tiefe Liebe zu Tamami treiben ihn voran. Im Laufe seiner Reise entwickelt sich Masato von einem passiven Individuum, das auf persönliches Glück bedacht ist, zu einer Figur, die das Gewicht der Zukunft der Menschheit akzeptieren muss. Er besitzt keine außergewöhnlichen Fähigkeiten und verlässt sich stattdessen auf seinen Einfallsreichtum, seine Loyalität und seine stille Entschlossenheit.

Masatos wichtigste Beziehungen prägen seinen Weg. Tamami ist nicht nur seine Geliebte, sondern auch der Auslöser für seine Flucht aus der Gesellschaft. Dr. Saruta bietet Unterschlupf und Wissen, während Rock das unterdrückerische System repräsentiert, das ihn ins Exil zwingt. Der Phönix fungiert als mysteriöser Führer und Schicksalslenker. In manchen Interpretationen wird Masatos Rolle durch seine Auftritte in anderen Werken desselben Schöpfers weiter erhellt, wo er als junger Arzt dargestellt wird, der mit einer tödlichen Krankheit kämpft – eine Verbindung, die Themen wie Sterblichkeit, Opfer und die Kostbarkeit des Lebens unterstreicht.