En Honoka ist eine der zweiundzwanzig identischen Klonschwestern, die als Honoka-Serie bekannt sind und als Garde-Piloten für das Saatenschiff Sidonia erschaffen wurden. Obwohl sie aufgrund beschleunigten Wachstums und komprimierten Gehirntrainings chronologisch fünf Jahre alt ist, gilt En als die Älteste unter den Schwestern. Sie pilotiert die Garde-Einheit mit der Bezeichnung TS203 oder TS703.

En zeichnet sich durch eine anfänglich starke Feindseligkeit gegenüber dem Protagonisten Nagate Tanikaze aus. Diese Animosität rührt von einem Missverständnis her, als Nagate versehentlich in Richtung der Umkleidekabine der Schwestern blickte, während er einen Sicherheitsgurt überprüfte, was En zu der Annahme verleitete, er würde sie ausspionieren. Ihr Groll erweist sich als hartnäckig, da er selbst dann anhält, nachdem sie schwere Verletzungen erleidet und für längere Zeit bewusstlos bleibt. Nachdem sie das Bewusstsein wiedererlangt, entflammt ihre Feindseligkeit erneut, als sie feststellt, dass Nagate versehentlich sie und ihre Schwester Ren beim Photosynthese betreiben überrascht.

In ihrer Rolle als Pilotin ist En Teil entscheidender militärischer Operationen an Bord der Sidonia. Sie wird für eine kritische Mission ausgewählt, um ein Kabizashi zu bergen, eine mächtige Waffe, die gegen die Gauna wirksam ist, zusammen mit Nagate, Shizuka Hoshijiro und Norio Kunato. Nach der erfolgreichen Schlacht gegen Gauna 487 werden En, Nagate, Shizuka und Kunato in Anerkennung ihrer Dienste in den Rang eines offiziellen Guardian-Piloten befördert.

En hat mehrere bedeutende Beziehungen, die ihren Handlungsbogen prägen. Ihre Verbindung zu ihrer Klonschwester Ren ist die prägendste, da sie eine tiefe Bindung teilen und oft zusammen gesehen werden. Ihre Beziehung zu Nagate ist anfangs von Misstrauen und Aggression geprägt, entwickelt sich jedoch im Laufe der Zeit. Trotz ihres anfänglichen Hasses entwickeln sowohl En als auch Ren romantische Gefühle für Nagate, was ihre Interaktionen mit ihm verkompliziert. Ihre Beziehung zu Kunato ist professionell, da sie gemeinsam im Bergungsteam dienen.

Was ihre persönliche Entwicklung betrifft, beginnt En als eine Figur, die von Missverständnissen und beschützenden Instinkten gegenüber ihren Schwestern angetrieben wird, insbesondere in Bezug auf deren Privatsphäre und Sicherheit. Ihre Zeit im Dienst an der Seite von Nagate bei Kampfeinsätzen, einschließlich der gefährlichen Operation zur Bergung des Kabizashi, bei der ihre Einheit durch eine Heigus-Partikelkanone außer Gefecht gesetzt wurde, zwingt sie, seine Pilotenfähigkeiten und Hingabe mitzuerleben. Diese gemeinsame Erfahrung trägt allmählich zur Milderung ihrer Haltung bei und führt letztendlich dazu, dass sie romantische Gefühle für ihn entwickelt, eine bedeutende Abkehr von ihrer anfänglichen Feindseligkeit.

Als für den Kampf erschaffener Klon besitzt En bemerkenswerte Fähigkeiten als Garde-Pilotin, da sie ein komprimiertes Gehirntraining durchlaufen hat, das speziell darauf ausgelegt ist, sie auf ihre Pilotenaufgaben vorzubereiten. Sie zeigt ausreichend Geschick, um für hochprioritäre Missionen ausgewählt und in den Rang eines offiziellen Guardian-Piloten befördert zu werden. Ihr physisches Erscheinungsbild umfasst, wie bei allen Honoka-Schwestern, hellrosa Haare im Hime-Stil, braune Augen, eine schlanke Statur und eine überdurchschnittliche Größe für ihr scheinbares Alter.